José Antonio Páez, en febrero de 1835 entregó la Primera Magistratura al candidato civil que resultó triunfador, José María Vargas. Se retiró a su Hato San Pablo, en Apure, otorgado como haber de guerra, por el mismo Libertador. Páez sale de este hato en defensa del régimen constitucional, cuando Vargas fue depuesto en julio de 1835 por el movimiento militar conocido como Revolución de las Reformas, acaudillada por el General Santiago Mariño. Reconquistado el gobierno por Páez, Vargas es repuesto en el poder. Pero Páez sigue guerreando hasta comienzos de 1836, cuando la rebelión quedó completamente dominada con la derrota de Francisco Farfán en el llano. Páez recibe el título de Ciudadano Esclarecido y por haber sometido a Farfán lo llaman El León de Payara. En 1838 Páez es electo para una segunda Presidencia que asume el 1 de febrero de 1839 y prosigue sus labores como primer magistrado, ocupándose de la educación, el crédito exterior, la deuda pública contraída por la antigua República de Colombia, la vialidad y el retorno de los restos mortales del Libertador el 15 de noviembre de 1842. Durante las elecciones presidenciales de 1846 Páez apoya para la Primera Magistratura al General José Tadeo Monagas, quien resulta electo y toma posesión en marzo de 1847. En ese año, a la edad de 45 años, en el mes de diciembre fallece uno de los grandes amores sentimentales de Páez, Barbarita Nieves, hecho que lo afecta profundamente.
Frente al Presidente Monagas los políticos conservadores reaccionan, primero a través del Congreso, que es acallado con el asalto del 24 de enero de 1848, y luego con la sublevación que el mismo Páez inicia el 4 de febrero, en Calabozo, con una proclama por la cual se declara jefe de los ejércitos de operaciones encargado de restablecer la Constitución de la República. De Calabozo siguió Páez hacia San Fernando de Apure, plaza que ocupa el 20 de febrero; para hacer frente a aquel movimiento, el General José Tadeo Monagas organiza un ejército y lo pone bajo las órdenes del General Santiago Mariño. Directamente contra Páez actúa el general José Cornelio Muñoz, quien se dirige al Apure y en la batalla de Los Araguatos, lo derrota 10/03/1848). Páez emigra a Nueva Granada y desde Ocaña sigue a Santa Marta y de allí se dirige a Curazao. El 2 de julio de 1849 invade a Venezuela por La Vela de Coro; ofensiva que concluye con su captura en Macapo Abajo, Edo. Cojedes, Venezuela, por el General José Laurencio Silva, quien lo remite a Caracas. Monagas lo encarcela en el castillo de San Antonio de Cumaná, donde lo visitan su esposa Dominga Ortiz y su hija; de allí sale el 23 de mayo de 1850 y va al destierro. Páez es agasajado en Saint Thomas, en Filadelfia, en Nueva York, en Nueva Jersey, en Baltimore, en Washington D.C., en México, en París, en Múnich; unas veces espontáneamente por los pueblos, y otras por los jefes de Estado, que desde 1837, comenzara el rey Guillermo IV de Inglaterra, quien lo habían honrado con condecoraciones.
Vuelve Páez a Venezuela el 18 de diciembre de 1858 a solicitud del Presidente Julián Castro y de la Convención de Valencia, para que se encargue del ejército y la pacificación del país convulsionado por el alzamiento de los monaguistas, liberales y federalistas. Cuando estos últimos proclaman la Federación el 20 de febrero de 1859 en Coro, el gobierno central lo nombra jefe de operaciones en la Provincia de Carabobo; pero al no obtener las amplias facultades que exige, renuncia en abril y retorna el 6 de mayo a Caracas; hay inestabilidad en el Poder Ejecutivo y Páez opta por regresar a Estados Unidos, esta vez como ministro plenipotenciario de Venezuela para una misión especial. A su regreso, el Presidente Manuel Felipe de Tovar lo nombra comandante general de todos los ejércitos del gobierno. Asume la presidencia Pedro Gual y como primer designado es nombrado Ángel Quintero, quien había sido ministro y secretario de Páez durante sus mandatos. Instigado por Pedro José Rojas, su nuevo consejero personal, Páez aspira a tomar el mando; Rojas dirige y redacta el diario El Independiente, que prepara el terreno para que Páez asuma la dictadura con el carácter de jefe supremo de la República, lo cual hace el 10 septiembre de 1861, en sustitución de Pedro Gual, apresado por los militares. A fines de ese año, se entrevista en el campo de Carabobo con el jefe de los federalistas, General Juan Crisóstomo Falcón, en busca de avenimiento que no se produce. Páez conduce la guerra con dureza durante todo el año 1862 y los primeros meses de 1863, hasta que la situación se vuelve insostenible; el Tratado de Coche pone fin a las hostilidades en abril de 1863 y Páez gobierna nominalmente en Caracas hasta mediados de junio; el 13 de agosto sale de Venezuela por tercera vez y establece su residencia en Estados Unidos. Allí escribe su Autobiografía, la cual publica en 1869 en Nueva York con el título Autobiografía del General José Antonio Páez, que llega en su relato solo hasta 1850. El 13 de julio de 1867 el gobierno de Venezuela le expide el diploma que lo acredita como Ilustre Prócer de la Independencia Suramericana. Recibe una carta del Presidente de Venezuela Antonio Guzmán Blanco, a quien contesta el 13 de julio de 1872 diciéndole que "la suerte de mi patria me es de mayor interés que la misma mía" Por la vía de México vuelve nuevamente Páez a Nueva York, y allí falleció pocos meses después; el 6 de mayo de 1873. Sus restos fueron repatriados y sepultados en el Panteón Nacional el 19 de abril de 1888.