Amar y Borbón y su esposa detestada por la inmensa mayoría del Nuevo Reino de Granada usaban el virreinato para zambullirse en los tesoros públicos y privados. Esta pareja había estado asediada por las conspiraciones que recientemente habían terminado en un documento muy profuso redactado por Camilo Torres y que es conocido como el Memorial de los Agravios, allí, Camilo Torres su principal autor muestra con claridad las desavenencias con lo que estaba sucediendo en España, donde un rey preso pretendía seguir dominando en el vasto territorio americano. Pero, no era lo único que estaba sucediendo, el virrey había detenido unas cinco conspiraciones antes de eso. En los Colegios Mayores el ambiente interno no es tenso porque la gran mayoría milita en los cambios impostergables que ellos han discutido con mayor profundidad. Pero hay algo que les molesta y sienten vergüenza, el tiranicidio ha hecho gala de sus mejores crímenes al mostrar las cabezas de dos jóvenes que fueron fusilados y decapitados en el los llanos del Casanare, y las cabezas han sido traídas a Santa Fe para amedrentar a la juventud que ose levantarse contra el virrey. Las han colocado en astas en la Plaza Mayor y toda la sociedad santafereña está conmovida, más que sorprendida, porque saben hasta dónde puede llegar la maldad de quienes creen que su poder se tambalea. Los estudiantes abuchean a los custodios de esas cabezas inofensivas de la muerte; la juventud se convierte en una cruzada de desagravio por toda la ciudad, no hay casa que les cierre la puerta a los estudiantes furibundos que defienden la dignidad de los mártires Vicente Cadena y José Rosillo. Bogotá hierve de rabia, algunos han informado a los pueblos vecinos de este horrible acto del cual responsabilizan al virrey y a su esposa. Aturdido por el desencanto causado, creyendo que la gente aplaudiría que se sacrificaran jóvenes, como en el pasado sucedió con el movimiento comunero, el virrey buscó el apoyo de los capellanes para darle sepultura a las cabezas de Vicente y José, e incluso él mismo anunció un redoble de campanas de tristeza y duelo por tan inusual castigo. Esa última condolencia no la creyó nadie. Atanasio y Pedro Girardot militan en este desagravio contra el tiranicidio.
Cuando el Virrey se entera de tanto comentario en su contra, discretamente comienza a ordenar sus pertenencias de valor y su esposa procede igual, están en una desventaja enorme, noventa de cien, de la gente santafereña los detesta. En el Palacio cada día que transcurre del mes de julio de 1810 hay deserciones, y al virrey le quedan muy pocos aliados, todos los demás no son de fiar y menos los últimos que ingresaron a trabajar, cuando se compraron los cargos que ofreció la corrupta esposa del virrey, y Nariño en esa oportunidad recomendó adquirirlos para poder penetrar el poder desde las entrañas de la fiera imperial.
Luego vinieron los acontecimientos en los cuales un extremista peninsular a quien concurrieron varios conspiradores para provocarlo, en vez de facilitar un florero de su tienda para adornar una reunión, se fue en insultos contra los blancos criollos y ese alboroto adelantó todos los acontecimientos que finalmente condujeron a deponer, arrestar, y más tarde expulsar de la Nueva Granada al virrey y su séquito de sinvergüenzas. Allí en esas movilizaciones estaban los tres Girardot, su padre Louis, Atanasio y Pedro.
Atanasio estuvo muy atento a lo acontecido y junto a su hermano, logran contactar al entonces capitán Baraya, un militar muy formal militante de la causa independentista y se incorporan como militares. Todavía está pendiente la entrega del título en leyes de Atanasio en el Colegio Mayor de Nuestra Señora del Rosario; pero, para eso hay tiempo. Baraya por su desempeño durante la caída del virrey Amar asciende a teniente coronel y luego a coronel y se le ordena ir contra la insurgencia española al sur del país, allí darán las primeras batallas reconocidas de la independencia de nuestro hermano país, hoy Colombia. Atanasio se convierte en el héroe de la batalla del Bajo Palacé, que dio lugar luego a la toma de Popayán. Su habilidad militar innata para la guerra lo lleva a capitán y todo ese ejército se honra en llevar un escudo alusivo a estas victorias.
Lo que vino luego fue una tragedia para la vida emocional de Atanasio, cuando regresan triunfantes a Santa Fe de Bogotá, la lucha política entre centralistas y federalistas está en su cúspide. Antonio Nariño que gobierna en Cundinamarca y es el jefe del centralismo ordena a Baraya que mueva las tropas por razones militares cerca de Tunja, pero este ingresa a Tunja y se reúne con los federalistas, y cambia de bando, traiciona a su gran amigo Nariño. Entonces, el joven héroe queda al servicio del federalismo mientras su familia completa milita en el centralismo. Esas movilizaciones y enfrentamientos militares entre hermanos recién desprendidos del control de España, trajeron además de muerte, desesperanza
Entre tantas estupideces que se cometieron, le imprimieran a ese período el epíteto de la Patria Boba, cuando los bobos eran los protagonistas de la discordia política; ocurre la avanzada del ahora general Baraya contra Cundinamarca, especialmente su capital, la sitia, se coloca muy próximo a la entrada de San Victorino, mientras Atanasio toma por sorpresa Monserrate y logra que Nariño proponga una capitulación que Baraya descarta. Las diferencias en tropas favorecen a Baraya, sus oficiales y la soldadesca formal, pero intempestivamente, el pueblo de Bogotá, sale con todo tipo de utensilios rodea a Baraya y sus tropas, captura unos mil militares, y provocan la huida de Baraya hacia Tunja. Entre los presos está ahora Atanasio y muchos jóvenes rosarinos que eran parte del ejército.
Atanasio a solas piensa mucho sobre esta fatalidad de luchar hermanos contra hermanos, pero le satisface no haber disparado contra nadie, al igual que lo hizo Baraya, hubiera sido una cruel masacre.
José Felix Ribas llega a Tunja y Cundinamarca con un petitorio de Bolívar que ha ganado la batalla de Cúcuta con tropas neutras de la Nueva Granada, que no puede cumplirse completo sin la participación de federalistas y centralistas. Nariño hace su parte, ordena la salida de tropas, especialmente jóvenes y varios de ellos son parte de los presos militares capturados hace poco, entre ellos Atanasio Girardot. Parten a Tunja y allí, les complementan hasta llegar a 150 tropas elites, con muy buenos oficiales para ayudar a Bolívar en su avance hacia Venezuela, en la conocida Campaña Admirable.
En su viaje hacia Cúcuta, Atanasio sintió que todo ese tiempo en guerras internas fue una pérdida que aprovecharon los realistas para reorganizar sus posiciones. Luchará al lado del famoso Simón Bolívar, ahora es teniente coronel y su rol de experto en la vanguardia, la conocen todos.
Bolívar había advertido a los neogranadinos elegantemente durante su estancia en Cartagena, que la estrategia era la unidad y la guerra.
Es imposible cantar victorias tempranas si la unidad está resquebrajada.