En el marco de la Convención de Ocaña (La Convención de Ocaña fue una Asamblea Nacional Constituyente que se desarrolló en la ciudad colombiana de Ocaña entre el 9 de abril y el 10 de junio de 1828. Su objetivo era reformar la Constitución de Cúcuta y resolver diferencias políticas entre la ciudadanía) los apatridas oligarcas irritados porque no podían lograr sus propósitos, por más que trataron desestabilizar el gobierno de Simón Bolívar, fraguan un nuevo plan para asesinarlo. Luego de planificar matarlo en un baile de máscaras, se salvó del intento contra su vida sólo por la resolución de Manuelita Sáenz que lo obligó a abandonar el escenario escogido para su muerte. Pero el más serio intento para asesinarlo se desencadena la noche del 25 de septiembre de 1828. Otra vez Santander, contando con sus cómplices criminales de la sociedad oligarca de Bogotá, fue el cerebro. Mientras Santander, como parte de su coartada, con testigos, se fue a dormir a casa de su hermana, más tarde los conjurados irrumpían en la Casa Presidencial dando muerte a los centinelas, al Coronel William Fergusson e hiriendo al edecán de Bolívar, Capitán Andrés Ibarra. De nuevo Bolívar bajo el apremio de Manuelita, salta la ventana armado de pistola y sable y busca refugio en un lugar seguro; debajo de un puente cercano.
Una hora más tarde desde su refugio, Bolívar manda a José Palacios, quien no sólo cumplía tareas de sirviente de Bolívar, sino de edecán del Libertador vistiendo chaqueta militar, sin que nunca ocupar oficialmente un rango en el Ejército, bajo su cargo estaba toda la servidumbre de Bolívar, que averiguara como estaba el ambiente y que opinaba el pueblo de lo sucedido. Y Palacios recorriendo las calles de Bogotá al pasar por una esquina oye decir al General Joaquín Posada Gutiérrez, fiel admirador de la tenacidad y don de mando del Libertador, en una tertulia con sus compañeros militares que: Si hubiera muerto Bolívar, habrían muerto sus enemigos, no sólo aquí en Bogotá, sino en toda la República. Palacios también averigua que fue la tropa del Batallón Vargas la que había derrotado la conspiración. Luego José Palacios contaría "el Libertador mojado, entumecido, casi sin poder hablar, montó en el caballo del comandante Espina, y todos llegaron a la plaza donde fue recibido con tales demostraciones de alegría y de entusiasmo, abrazado, besado hasta por el último soldado, que estuvo a punto de desmayarse, y les dijo con voz sepulcral: ¿’Queréis matarme de gozo, acabando de verme próximo a morir de dolor?’"
Después de ser juzgado el General Santander por sospecharse ser el principal promotor del atentado criminal contra Simón Bolívar, es encontrado culpable y condenado a muerte; el Libertador le perdona. A pesar de haber realizado, además, una acción grave, por su impacto destructor contra la cohesión del Ejército, ordena fusilar al venezolano Coronel Leonardo Infante, todo, por un atroz acto de venganza, odio que tuvo su comienzo con un incidente en la batalla de Boyacá cuando estando Santander escondido debajo de un puente, es descubierto por Infante y tomándolo por la pechera lo insta a que "Salga a ganarse las charreteras como lo están haciendo el General Anzoátegui y demás patriotas; exponiendo el pellejo" El hombre de las leyes, el que legó a sus sucesores oligárquicos el crimen político, no perdona. Intrigó ante los tribunales, destituyó magistrados, pero al fin logró la condena a muerte de un hombre que había sido distinguido con la Orden de los Libertadores, además único afro descendiente que alcanzó el rango de Coronel del Ejército Libertador. Santander inmediatamente después de la ejecución, asesinato, de Leonardo Infante, se presentó a caballo, y allí, delante del cadáver arengó a las tropas sobre el mal comportamiento de este valiente venezolano, Sin duda alguna que Santander era un verdadero cobarde. Un tiempo después Santander es recibido con desfiles militares y demás elogios por el gobierno de los Estados Unidos que de esta manera también le compensaba por ser uno de los más connotados títeres de su geopolítica para con la América Latina. Es necesario conocer que los ascensos de Santander no fueron ganados por su arrojo en el campo de batalla, como Girardot, Rondón, Sucre, Manuelita y tantos otros, sino en el ejercicio de la intriga y el engaño. Siempre quiso ganar siquiera un par de batallas, pero la única de importancia que ganó en su vida de mentiras y simulaciones, fue la Batalla de "Loma pelada", batalla que jamás existió.
