José Félix Ribas, delatado por un esclavo, fue ejecutado por los realistas en los llanos de Tucupido. Manuel Piar, vencido por José Tomás Boves en El Salado y sin capacidad de reorganizarse, escapó. A Bolívar lo acusan de haberse escapado con el oro de la República y estalla entre sus compañeros de armas una revuelta para deponerlo. Ribas y Piar tomaron el mando y le proscribieron junto con Mariño hacia las Antillas. El contexto para los independentistas no podía, por tanto, ser más desalentador. Confinados, menguados de peculio, desarraigados de familiares y amigos y con un proyecto cada vez más cuesta arriba de lograr, estos hombres no claudicaron frente a la adversidad del momento; sea como propagandistas y suministradores de pertrechos a la causa, Luis López Méndez, José Rafael Revenga, Juan Germán Roscio, Pedro Gual, Manuel Palacio Fajardo, Fernando Peñalver o como combatientes activos durante unos años 1815-1816 de incertidumbre y nulo apoyo internacional: Bolívar escribe a un amigo: "Si el general Morillo obra con acierto y celeridad, la restauración del gobierno español en la América del Sur, parece infalible."
El Libertador no erró en esta afirmación, meses después de esa misiva, Cartagena de Indias fue tomada con gran mortandad y destrucción por las fuerzas restauradoras de Pablo Morillo. Rápidamente la Nueva Granada quedó en manos realistas y sus Consejos de Guerra, los cuales castigaron con pena capital a los principales cabecillas de la insurgencia. En la historia se conoce esta época1815-1816 "Como la más negra de la revolución americana", casi la totalidad de las colonias meridionales estaban nuevamente bajo el pendón monárquico, exceptuando el Río de la Plata. Este fue el contexto en que se insertó el pensamiento político de Bolívar quien, lejos de resignarse, mudó derrotas por decisivas victorias hasta ser en 1818 el líder indiscutido de la revolución. En el año 1816 fueron condenados a muerte los bravos patriotas Camilo Torres, Jorge Tadeo Lozano, Francisco José Caldas, José María Carbonell, Manuel Rodríguez Torices, Manuel Bernardo Álvarez, José Joaquín Camacho, José Fernández Madrid, Custodio García Rovira, Antonio Baraya, Antonio Villavicencio, José Ramón de Leyva, entre otros. Los que no pagaron con su vida fueron sometidos a Consejos de Purificación y Juntas de Secuestros, pagando en metálico, destierro o servicio militar su infidencia a la corona. La resistencia bélica en Nueva Granada, al igual que en Venezuela, quedó en manos de bandas guerrilleras operantes en los llanos de Casanare, bajo control de los hermanos Almeida, Ignacio Mariño, Nonato Pérez y Juan Galea.
Uruguay cayó en manos portuguesas en 1816; dicha invasión fue ordenada por el Rey João VI, residente en Río de Janeiro desde 1808, la zona quedó anexada al Reino Unido de Portugal, Brasil y Algarve, con el nombre de Provincia Cisplatina. Paraguay, en cambio, libre de la administración peninsular desde 1811, quedó en manos de Gaspar Rodríguez de Francia. El popular doctor de Francia, José Gaspar Rodríguez de Francia y Velasco, para los paraguayos de su época como Karaí Guazú, fue considerado el ideólogo y principal dirigente político, fue nombrado en 1816 Dictador Perpetuo de la República, cargo que ostentó hasta su muerte en 1840. Una vez que Manuel Piar fue doblegado y Páez reconoce la autoridad del Libertador en Cañafistola, poblado del estado Apure, Venezuela, nadie más hasta 1826, osaría usurpar su mando. Sólo hubo una tentativa por parte de Juan Bautista Arismendi en 1819 que rápidamente quedó neutralizada con la presencia de Bolívar. Desterrado Simón Bolívar de Venezuela por sus compañeros de armas, el Libertador partió a la vecina Nueva Granada. El gobierno federal residente en Tunja, Nueva Granada, hacía dos años atrás había apoyado la invasión a su territorio natal y ahora Bolívar procuraba de él para repetir la hazaña. Sin embargo, debió labrar de nuevo la estrella militar para obtener el favor de las autoridades neogranadinas. Se le encomienda a Bolívar entonces la tarea de tomar Bogotá, bastión de los centralistas dirigidos por Manuel de Bernardo Álvarez, la cual cumplió con éxito el 12 de diciembre de 1814; Cundinamarca quedaba de esta manera anexada a las Provincias Unidas y Bolívar premiado con el cargo de Capitán General de la Confederación.
