El Padre Windevoxhel, según lo comentó el historiador de la Arquidiócesis de Valencia, Presbítero Luis Manuel Díaz, abre el primer libro de bautizos en Bejuma el día 13 de febrero de 1850, el de matrimonio el 1 de noviembre de 1850 y el de entierros el 27 de noviembre del mismo año. Igualmente comenta el Padre Díaz que lamentable el primer libro de gobierno no se encuentra en el archivo de la Arquidiócesis, por lo que no se puede saber del propio padre Windevoxhel los detalles y vivencias de su breve estadía en la recién creada parroquia. Por un largo periodo no hubo curas párrocos en Bejuma ni tampoco en Canoabo, Urama, Taría y Temerla, por lo que no hubo quien cubriera las necesidades religiosas de estos poblados; de la antigua parroquia de Montalbán. En este periodo y en medio de la exaltación de las facciones paecistas contra el gobierno del General José Gregorio Monagas, el 30 de julio de 1854 la primera iglesia de Bejuma fue profanada por tropas comandadas por el General Julián Castro, quien se atrincheró en ella y desde donde desarrolló sangrientos combates contras las huestes paecistas, ellas dirigidas por el Capitán Antonio Vásquez quien venía avanzando desde Barquisimeto, y que según la crónica de la época, fue salvajemente masacrado junto con sus tropas.
A los 10 años de creada la parroquia eclesiástica de Bejuma se independiza del Cantón de Montalbán por decreto legislativo del 19 de julio de 1859, siendo Presidente de la República el controvertido General Julián Castro. Para 1861, en plena Guerra Federal, y siendo Presidente de la República el General Páez, fue nombrado como párroco de Bejuma el Presbítero Bautista Torres; el 14 de agosto de ese año. En 1865 el Arzobispo Guevara y Lira coloca la primera piedra de la iglesia principal, en el mismo sitio en donde está la actual. La Federación triunfante gobierna el país, y siendo su Presidente el General Juan Crisóstomo Falcón. Llega a Bejuma el 28 de febrero de 1866 el presbítero Domingo Felipe Torres, sobre este sacerdote se nota muchos aspectos positivos en su desempeño frente a la parroquia, según comentan uno de los mejores conocedores de la historia de Bejuma, Don Torcuato Manzo Núñez y Don Antonio Oswaldo Marvez, quienes describen al Padre Torres como "una persona que llega al pueblo animado con el mayor espíritu de progreso y deseo de bienestar" Pero al poco tiempo de su arribo, la Revolución Azul impone la inestabilidad y la violencia en la región, llegándose a una situación muy complicada el desempeño del padre Torres, aunado al ruinoso y lamentable estado de la primitiva iglesia de Bejuma.
Para 1872, comenzando el septenio del General Guzmán Blanco, la parroquia habilita como iglesia la casa de Don José Aniceto Ojeda, ubicada en una de las esquinas de la hoy Plaza Bolívar, en donde se encuentra la actual Iglesia de San Rafael Arcángel. En 1873 se comenzó a construir el nuevo templo, cuya edificación fue muy lenta. El Padre Torres mueve la piedad y fervor de los bejumeros y funda la Sociedad de Jesús Sacramentado, ésta bajo la presidencia de doña Ángela Castro de González. En medio de muchas carencias materiales, en 1883 se encontraban en la vieja iglesia de Los Fundadores unas pocas imágenes, guardándose en la casa de Don José Coronel el Santo Cuerpo, en la de doña Paula Lara, la Virgen del Carmen, y en la del General Manuel Antonio Silva; Jesús en el huerto. Al Padre Domingo Felipe Torres lo reemplazó el Presbítero Lino Volcán Toledo en 1888. El 22 de enero de 1897, es instalada por Melchor Escoriaza, Misionero Capuchino, la congregación de San Francisco, bajo la advocación y patrocinio de San Rafael Arcángel en la iglesia parroquial de Bejuma. Para finales del siglo XIX ya la Parroquia Eclesiástica de Bejuma cuenta con 50 años de historia. Se debe aclarar al lector que la Vicaría Ecleciástica de Nirgua, abarcaba los Departamentos Civiles de Nirgua, Montalbán y Bejuma, con sus Parroquias y vecindarios.
