El Gobierno de Antonio Guzmán Blanco, en el marco de un proceso integral tendiente a consolidar el Estado nacional venezolano, ordenó y ejecutó, entre otras medidas, la extinción de los seminarios clericales. Esta acción resultó controversial teniendo en cuenta que el pueblo en buena parte era fervientemente católico, heredero de la imposición religiosa española; no obstante esta medida impopular, Guzmán Blanco sabía lo importante de subordinar de forma definitiva la Iglesia Católica al poder civil, de acuerdo al proyecto centralizador y modernizador de Venezuela, laico en esencia. Téngase en cuenta que esta institución religiosa, a partir del periodo colonial, había influido notablemente en todos los órdenes de la vida en lo que hoy día es la nación suramericana. Además es bien sabido que el llamado Ilustre Americano era masón, y hasta donde se conoce, la masonería y el catolicismo han tenido relaciones antagónicas de larga data.
A continuación una parte del decreto que ordenó la extinción de los seminarios clericales en Venezuela (septiembre de 1872):
“Antonio Guzmán Blanco. Presidente Provisional de la República (…). En uso de las facultades que me confirió el Congreso de Plenipotenciarios de los Estados; y (…) Considerando:
1º Que en los seminarios clericales, por el aislamiento en que están sus alumnos y por los textos y doctrinas que en ellos se enseñan, se forma un clero extraño á las instituciones políticas y refractario á las ideas y marcha progresiva de la República.
2º Que el trato de los alumnos eclesiásticos con los civiles, en unas mismas aulas, contribuye á armonizar las tendencias y hábitos de unos y otros, en beneficio del Estado y de la Iglesia (…)
Decreto:
Art. 1º Quedan extinguidos los seminarios clericales que existen en la República, no pudiendo en lo futuro establecerse ninguno de esta especie.
Art. 2º Los eclesiásticos que quieran seguir estudios en cualquier Facultad, deberán concurrir á las clases correspondientes de las universidades y colegios nacionales, observando las reglas que establece el código de instrucción pública para los cursantes de estos institutos.
Art. 3º Las ciencias eclesiásticas solo se enseñarán en las universidades” (En Eloi Chalbaud Cardona. Historia de la Universidad de Los Andes. Tomo VI, pp. 357-358).
En el caso del seminario de Mérida, éste pasó a control gubernamental el nueve de abril de 1874, acción que también afectó a la Universidad, considerando que esta Casa de Estudios tenía su sede en la misma edificación donde funcionaba el Seminario. He aquí la respuesta (parte de ella) del rector universitario, Foción Febres Cordero, a la decisión del Gobierno nacional:
“Queda en cuenta el Rectorado que pr. disposición del Gobno. Nacional i en su representacn. tomó U, el 9 del corriente posesión judicial del edificio en que se encontraba establecido el Seminario de esta Ciudad i en cuyo primer claustro ó departamento despacha i tiene sus aulas la I. Universidad, desde su fundacn.; i de que este Instituto científico i nacional puede continuar ocupando el edificio mientras qe. El Gobno. Nacl., al que se ha dado parte, dispone lo conveniente.
Estima el Rectorado la atenta participación de U. i se promete de su interés por la causa de la instrucn. Publica i en especial de esta Academia, que Mérida ha hecho gala de poseer y conservar con lustre, qe. Interpondrá sus esfuerzos en favor de la apropiación á la Universidad de ese edificio, único adecuado pr. el momento á sus fines. Desposeida de ese local habrán de cerrarse las aulas, atentas de un lado la pobreza del tesoro universitario i de otro la falta de otro local apropiado al efecto” (Historia de la Universidad de Los Andes. Tomo VI, p. 412).