El Dr. José Gregorio Hernández termina sus estudios de medicina a finales graduándose con grandes honores en 1.888, Poco despues el gobierno venezolano lo beca para que continúe sus estudios avanzados en Paris y se macha allí a mediados de 1889 e inmediatamente el Dr. Hernández se encuentra ya estudiando en el laboratorio de histología de Mathias Duval. Los años que pasa en la capital francesa habrían de resultar muy positivos para su ulterior desarrollo como profesional y, como consecuencia, también serían decisivos para el avance de la medicina moderna en Venezuela. En París José Gregorio no perdió su timepo en vanas diversiones y francachelas, sino que se dedicó con todo su esferzo al estudio, la experimentación y al ejercicio de su profesión en los hospitales de esa ciudad, superando sus conocimientos a través del contacto directo con algunos de los mejores clínicos e investigadores fraceses del momento. Durante esos meses José Gregorio asistió asiduamente al laboratorio del Mathias Duval, donde aprendió y practicó histología.
En el laboratorio del doctor Charles Richet profundizó en fisiología, y el del Dr. Strauss se dedicó a investigaciones bacteriológicas, y empredió exitosamente un original experimento sobre la vacuna quimica. Había muerto el 8 de marzo de 1890 su padre, don Benigno Hernández Manzaneda y José Gregorio no estuvo presente como era su deseo. Transido de dolor por no haber estado junto a su padre en el último momento, José Gregorio nombró como apoderado para las cueationes legales de las que debía ocuparse como hermano mayor a su cuñado Temístocles Carvallo. Con un nuevo gesto de generosidad, José Gregorio entregó toda su herencia a sus sobrinos, los hijos de su hermana Sofía con el señor Carvallo. En 1891, ya plenamente familiarizado con los últimos desarrollos científicos de la capital francesa, José Gregorio hizo gestiones con el Ministro Plenipotenciario de Venezuela en París, y con el Embajador de Alemania, para viajar a Berlín con el fin de continuar sus estudios de histología patológica. Contrariaamente a lo que esperaba José Gregorio, este viaje no se realizó, aun cuando la beca que se le había otorgado originalmente también incluía los mencionado estudios en la capital alemana. Sin embargo, el gobierno venezolano, informado de los adelantos obtenidos por José Gregorio en París, lo responsabilizó con la compra de todo el instrumental necesario para la creación de un laboratorio de fisiología experimental, el cual, por disposición presidencial, habría de establecerse en el Gran Hospital Vargas de Caracas.
José Gregorio recibió una comunicación oficial de dicha designación firmada por el Ministro de Instrucción Pública, tras lo cual se dedicó a elaborar un inventario de lo que debería tener dicho laboratorio, y a calcular el presupuesto necesario para el mismo. Como modelo tomó el Dr. José Gregorio al laboratorio de la Facultad de Medicina de París. El 24 de agosto de 1891 el Dr. José Gregorio se encuentra establecido en Caracas procedente de Europa y se dedica con pasión a la instalación del laboratorio de fisiología experimental que se le habían encargado comprar en París. A las pocas semanas, a principios de noviembre de 1891, el Presidente de la Republica dictó un decreto mediante el cual se establecía en la Universidad Central de Venezuela los estudios de histología normal y patológica, fisiología experimental y bacteriología. Al dia siguiente el ministro de instrucción pública dictó una resolución en la que se nombraba a José Gregorio catedrático de esas materias. En realidad estas cátedras habían sido creadas especialmente para él, pues era a la sazón el único verdaderamente capacitado para desempeñarla. Este acontecimiento convirtió a Dr. José Gregorio constituirse en un verdadero precursor de esas disciplinas científicas en Venezuela y dando un ejemplo de abnegación poco común.
El Dr. José Gregorio Hernández se presentó a desempeñar su labor a la mañana siguiente del nombramiento, prestando juramento como profesor ante el rector de la universidad el 16 de noviembre de 1891. El reconocimiento oficial a la ciencia del doctor Hernández, sumado a los modernos conocimientos y a la valiosa experiencia que había adquirido en Europa le garantizaron una favorable acogida en los medios profesionales y aristocráticos de Caracas. Pero, amén de esas cualidades indiscutibles, en opinión de muchos, fue su carácter afable y comprensivo lo que le franjó de inmediato una gran clientela en todas las esferas sociales de la capital. En opinion del Dr. Santos Aníbal Dominici, impuso su valimiento científico a las pocas semanas de su actuación médica. Convencidos de su pericia y de su eficacia profesional, muchos galenos caraqueños no vacilaron en consultarle, incluso al pie del lecho de sus propios enfermos. Al cabo de cierto tiempo, algunos doctores más viejos comenzaron a transferirle sus pacientes, llegando a contar el Dr. Hernández con una de las más extensas clientelas de la Caracas de aquellos tiempos. Los métodos modernos que empleaba a la hora de emitir sus diagnósticos, y lo acertado de éstos, le dieron a su opinión profesional una validez indiscutible
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