Existen 5 emblemáticos casos en que personajes "amigos" de Francisco de Paula Santander mueren de manera muy misteriosa, casi todos sorpresivamente:
1- El General y Precursor Antonio Nariño, traductor del francés de la Declaración de los Derechos del Hombre y del Ciudadano, Presidente de Cundinamarca. Le disputa en 1821 a Santander la Vicepresidencia de la Gran Colombia. Es nombrado electoralmente senador e inmediatamente se impugna esta designación por acusación de traidor a la patria, desde esa fecha se siente políticamente acosado inclementemente, hasta que 1823 muere a los 58 años de edad.
2- El General José Antonio Anzoátegui muere a los 30 años en Pamplona de manera súbita. Anzoátegui le quitó a Santander todos los laureles en la Batalla de Boyacá, la única batalla memorable en la que Santander participó. El Libertador al conocer su muerte afirma: "Hubiera preferido perder dos batallones antes que un hombre de su talla"
3- El coronel Leonardo Infante, afrodescendiente, valiente y una de las mejores lanzas llaneras era odiado por Santander, odio que provenía desde que Infante ve a Santander esconderse bajo un puente en la batalla de Boyacá, Infante lo busca y le grita: "¡Venga y gánese como nosotros, las charreteras!" Francisco de Paula Santander se ponía furioso al ver a Infante usar lujosos uniformes y asediado por las mujeres. Santander lo acusa de mujeriego y convierte este caso en crimen que debía castigarse sin contemplaciones y lo manda a fusilar.
4- Antonio José de Sucre. El 30 de enero de 1827 le escribe Santander a Bolívar: Son muy pocos los venezolanos que no me detestan de muerte, quién sabe por qué; el colmo de esta gratuita detestación lo he visto en el general Bartolomé Salom. Era que Salom se había enterado de las calumnias que Santander decía contra Sucre. Santander jamás, entre 1830 y 1840 cuando él muere, jamás recordó la gesta de Sucre ni tuvo un minuto de consideración para su inmensa obra. Incluso, apoyó al Congreso que en 1832 declaró olvidado el Crimen de Berruecos. Y protegió con férrea locura a quienes le asesinaron: los generales José Hilario López y José María Obando. Los círculos herméticos que se formaron en Bogotá para matar a Sucre, todos eran dirigidos por íntimos y fervorosos seguidores de Santander. Él coincidía con el general Santa Cruz, en que: Hay que ponerse muy en guardia con Sucre con quien toda desconfianza y prudencia no es bastante. Es preciso, precavernos con mil ojos con él. Cuando en 1827, Santander apoya la sublevación del granadino José Bustamante contra Bolívar, en el Perú, Sucre escribía en agosto al Libertador: "No sabe Santander cuánto daño ha hecho a la República aprobando la insurrección de Bustamante; de todos los errores de su administración, éste es el mayor.
5- Y por último, el asedio que Santander mantuvo de manera despiadada y sin cuartel contra el Libertador Simón Bolívar, a quien todo el mundo suponía en buen estado de salud en 1830 cuando deja Bogotá, a tal punto esto es cierto, que todas las cartas de Rafael Urdaneta y demás amigos que le escriben a Bolívar desde la capital, en todo momento lo consideran con suficientes fuerzas como para que regrese y asuma nuevamente la Presidencia. En el camino a Cartagena es que Bolívar repentinamente comienza a sentirse mal del estómago y desea tomar un botecito e internarse en el mar para ver si consigue marearse y expulsar la bilis revuelta que lleva en el organismo y que lo fastidia horriblemente; este era un método que se usaba entonces. Puede verse la copiosa correspondencia de esta época, y seguir tramo a tramo todas las inmensas ideas y proyectos que le embargaban, de lo cual se puede deducir que en absoluto cuando partió de Bogotá se encontraba tuberculoso. Téngase en cuenta que casi todos los atentados que se urdieron contra Bolívar para eliminarlo a partir de 1828 los llegó a conocer Santander. El más grave, el del 25 de septiembre, Santander lo supo hasta su más mínimo detalle y sin embargo nunca actuó a favor del Libertador.
