El jefe de la conjura contará con el apoyo de funcionarios gringos para que algunos hombres asalten el Palacio Presidencial y ejecuten el plan siniestro de la oligarquía criolla y gobiernos extranjeros. Desde hace tiempo se ha hecho una campaña mediática de infamias y calumnias contra el Presidente; lo llaman dictador, tirano, etc. Será así como en la noche del 25 de septiembre, con la complicidad de jefes militares, asaltarán el Palacio Presidencial, asesinarán a los centinelas y dominarán el resto de la custodia. Los asaltantes se considerarán dueños de la situación y avanzarán hacia el dormitorio del Presidente al grito de muera el tirano. Será en esta oportunidad cuando aparecerá, espada en mano, una mujer que enfrentará a los sediciosos.
Manuela Sanz va aquella noche al dormitorio del Libertador para cuidarlo por presentar éste quebrantos de salud. Al oír el alboroto de los conjurados, Manuelita despierta a Bolívar y lo obliga a lanzarse por una ventana a la calle, enseguida enfrenta a los conjurados para dar tiempo a Bolívar a escapar. ¿Dónde está Bolívar? le preguntaron y ella responde: En la Sala del Consejo, allí fueron, registraron y volvieron al dormitorio, cuando ya el Libertador había escapado. Los conjurados asesinan también al leal coronel William Fergunson, otro edecán de Bolívar, quien se encuentra enfermo y dormía fuera, pero que acude al oír los gritos provenientes del Palacio. También matan al coronel venezolano José Bolívar cuando atacaron el cuartel de artillería, mientras tanto el Libertador se encuentra refugiado bajo un puente. Al tener noticias del atentado el pueblo sale a dar vivas a Bolívar, y es tan numeroso la presencia de ciudadanos en las calles que al Ejército no le queda otro camino que pronunciarse a favor del Libertador.
El grupo de conspiradores integrado, entre otros, por el doctor Florentino González, el comandante Pedro Carujo, Pedro Celestino Azuero, Juan Manuel Acevedo, Mario Ospina, Wenceslao Zulaibar y el francés Agustín Hormet, en la noche de ese 25 de septiembre de 1828 son quienes se dirigen al Palacio Presidencial en Bogotá donde descansaba el Libertador, derriban las puertas y a los gritos de Muera el Tirano, ¡Viva la Libertad!, ¡Viva Santander!, penetran en el Palacio. Bolívar al escuchar el alboroto se levanta y pretende abrir la puerta espada en mano pero su compañera Manuelita Sáenz lo convence a escapar por el balcón, Bolívar así lo hace y, orientado por su criado, corre hacia un puente. Tan pronto cunde la noticia del atentado, tropas leales salen de sus cuarteles y prenden a los facciosos. Pasada la tormenta producida por este alevoso hecho, el Libertador sale de su escondite y se presenta en la Plaza Mayor donde el Secretario de Guerra, General Rafael Urdaneta, oficiales y gente del pueblo lo reciben entre gritos de vivas y abrazos. Los complotados son sometidos a juicio y condenados a muerte. Sin embargo, a Francisco de Paula Santander, Bolívar le conmuta la pena de muerte por el destierro. A Carujo se le perdona la vida y también a los oficiales José María Obando y José Hilario López; quienes 2 años más tarde son los autores intelectuales del asesinato del militar venezolano Antonio José de Sucre.
