Aprovechando que el general Simón Bolívar había partido para Venezuela para continuar la guerra, pocos días después del triunfo de Boyacá, 7 de Agosto de 1819, el general Santander resolvió por cuenta propia tomar una medida homicida. Estaban en calidad de prisioneros en Santafé de Bogotá el general Barreiro y todos sus oficiales apresados después de sufrir la derrota en Boyacá. Inicialmente estos presos habían sido recluidos en un edificio llamado Las Aulas, pero posteriormente fueron trasladados a un cuartel de caballería alegándose para ese traslado de que en el edificio de Las Aulas el coronel Barreiro, hombre en extremo apuesto y galante, recibía constantes visitas de encopetadas damas bogotanas y que esta circunstancia podía poner en riesgo la seguridad que se brindaba al lugar. En el cuartel los prisioneros aguardaban con angustiosa impaciencia que el fugitivo virrey Sámano resolviese la solicitud de canje formulada por Bolívar, lo que en opinión de presos y presidiarios se daba por descontado.
Pero Santander pocas semanas después de la partida de Bolívar de Bogotá, sin consultar con nadie y ni siquiera citar a un consejo de guerra o convocar la formación de un tribunal, el conocido como el Hombre de las Leyes, ordena la ejecución pública de aquellos prisioneros. El día siguiente, a las siete de la mañana, los prisioneros fueron avisados de lo que se había decidido y se autorizó que unos frailes entrasen a la prisión para socorrerlos con los últimos auxilios espirituales. El mismo día del fusilamiento, Santander ordenó que la ejecución se hiciera en pequeños grupos y que los demás presos presenciaran el espectáculo, a la vez de que no se permitiera el uso de la venda en los ojos. Concluidas las ejecuciones el general Santander aparece en el lugar montando un nervioso caballo y seguido por un grupo de músicos que interpretaban himnos y marchas militares.
Santander ese mismo día invita a la sociedad bogotana a un baile a efectuarse en la noche en el Palacio Virreinal, abandonado por el jefe realista Sámano cuando huyó de Santafé de Bogotá. Durante el baile Santander se dirige a los asistentes agradeciendo el honor que le hacen por su presencia y muy especialmente le retribuye a los representantes civiles de la comunidad bogotana el apoyo recibido por la orden de fusilamiento de ese 11 de octubre de 1819 de 38 oficiales del ejército español tomados prisioneros en la batalla de Boyacá. Por los hechos narrado es fácil descubrir la crueldad entre los rasgos muy distintivos del general Santander, sin embargo, es la perfidia el núcleo malévolo más resaltante de general colombiano; la lealtad, los ideales, la enseñanza y cualquier acto noble fue y está envenenado por este hombre. Por lo cual es de lamentar que el general Francisco de Paula Santander continúe siendo el gran obstáculo para la Bogotá que vive de su herencia, y que sea por ello que la actual diplomacia colombiana se oponga al más preclaro sueño de Simón Bolívar: Una franca, fuerte y perdurable unidad suramericana y caribeña.
