A finales del año de 1824 fue asesinado en Bogotá un oficial de nombre Francisco Perdomo, tal crimen fue atribuido al Coronel venezolano llanero Leonardo Infante. Un hombre de color, valiente, pero desordenado, reía de todos, jugaba también de todo, era parrandero y mujeriego. Santander le tenía cierto resquemor por éste estar en conocimiento de sus debilidades como militar y falta de valor durante la campaña que tuvo como fin la Batalla de Boyacá. En esta batalla, cuando se estaba en punto más fiero de ella, se cuenta que Santander se ocultó bajo un puente que había en el lugar. El Coronel Infante al verlo se acerca a él y le grita "¡Ven y gánate como nosotros las charreteras!" La inquina de Santander contra Infante se acrecentaba al verlo usar lujosísimos uniformes, sombrero de gala y sable de buena calidad y belleza. Era sabido que el Vicepresidente sentía aversión hacia la gente de color y más si era llanero venezolano. Ésto preludiaba otra sentencia dictaminada en breve tiempo. La defensa de Leonardo Infante, hizo desplegar en Miguel Peña su brillante oratoria, pues como presidente de la Alta Corte, era el más descollante abogado de la República. Después que Leonardo Infante es sentenciado a muerte inmediatamente es ejecutado y Santander se presenta al lugar a caballo, y delante del cadáver, arenga a la tropa; y al final dice: "Se hizo Justicia" Se sabía que el Vicepresidente era enemigo personal de la víctima, y aquella muerte se comprendió fue una venganza de Santander.
Según O’Leary, "El General Santander, pocos meses antes había conmutado la pena de muerte a un Sargento Mayor, José Vegal, por la de presidio, lo había hecho por consideración a sus servicios, en esta causa el reo estaba convicto y confeso; bien pudo hacer Santander lo mismo con el Coronel Infante" Ese mismo año, el general José María Córdova, hombre severo, cuya actuación fue decisiva en la Batalla de Ayacucho, mató con sus propias manos, de una estocada, a un sargento, no en función de armas, no en ningún acto de servicio sino por cosas fútiles y sin embargo, Santander lo perdona por tener origen colombiano. Santander era un hombre que amaba el mercantilismo, velaba con demasiado ahínco por su seguridad económica y cuidaba con mucho celo sus propiedades. Como se acercaba las elecciones donde se decidiría quien sería el nuevo Vicepresidente Santander ofrecía prebendas a cada congresista porque él quería lo reeligieran como Vicepresidente. Esta vez tenía como competidores a Luis Baralt, presidente del Senado, a José María del Castillo encargado de Hacienda y a Briceño Méndez. Desde Caracas, el periódico El Argos dirigido por Antonio Leocadio Guzmán, estaba en contra de la reelección de Santander y publicaba: "¡Santander otra vez, de ninguna manera! Sería una plaga para Colombia otros cuatro años de su pésima administración". Añadía el periódico: "Aseguran que el Excelentísimo Señor Francisco de Paula Santander, Vicepresidente de la República, encargado del Poder Ejecutivo, para dar esplendor al Gobierno republicano y a la nación, ha adoptado para sí el mismo ceremonial de palacio, paseo, iglesia, teatro que usaban los antiguos virreyes. Dicen que en su palacio tiene un famoso solio, bajo el cual se sienta con frecuencia, que cuando sale a paseo o a la iglesia es acompañado y custodiado por alabarderos y batidores y que, al entrar al coliseo, todo el pueblo concurrente tiene que ponerse en pie y el sombrero en la mano hasta que Su Majestad toma asiento.
Santander ganó de nuevo la Vicepresidencia. Ni Baralt ni Castillo, siendo los oponentes más fuertes y de mayor experiencia en los asuntos de gobierno, pudieron con las intrigas de Santander, ésta elección provocó adelantar la Convención de Ocaña, en donde los resultados fueron adversos para Bolívar. El triunfo de Santander enciende las tensiones y alienta la desunión, acrecentando el odio entre caraqueños y bogotanos. Esta rencilla tomaba giros funestos contra el propio Bolívar, quien comenzaba a aparecer entre sus amigos como débil y cansado; o condescendiente con los revoltosos. Estimado lector, dese cuenta como en los Congresos, Cúcuta y Ocaña, se conspiró contra Bolívar y más contra la Gran Colombia, todo por una desmedida sed de poder de algunas personas perversas y corruptas; y es por eso que Bolívar escribe a Santander el 14 de octubre de 1826 y le dice: "Jamás un Congreso ha salvado a una República"
