El General colombiano Francisco de Paula Santander, Vicepresidente y Presidente encargado de la Gran Colombia, tenía mucha influencia sobre las decisiones del Congreso, allí en esos momentos se estaba discutiendo un caso de insubordinación del General venezolano José Antonio Páez. Un diputado caraqueño interviene: "Admitir una acusación contra un antiguo y valiente general, de mucho prestigio en Venezuela y por hechos no bien comprobados ni de tanta gravedad, como la que se le quiere atribuir, es una imprudencia que raya en la temeridad" En carta del 9 de marzo de 1826 al General Pedro Briceño Méndez, Santander le dice: "La Cámara de Diputados del Congreso ha declarado por una mayoría de 41 votos contra 16 que el general Páez debe ser investigado por no sé qué exceso en Caracas sobre las milicias, aún ese asunto no ha ido al Senado, piense usted qué resultado traerá si el Senado ratifica lo aprobado en Diputados" La confirmación por el Senado era lo que faltaba para que el General Páez fuera suspendido de sus funciones y se ordenara presentarse en Bogotá a dar cuenta de su comportamiento ante el Congreso.
El mes de mayo el General Páez desde Venezuela escribe a Bolívar… "Mi querido general, no puede usted figurarse los estragos que hace a este país las intrigas provenientes del Congreso de la Nueva Granada" Todos los amigos allegados a Santander sabían lo contento que éste se sentía con la decisión del Congreso contra Páez, sin embargo afuera de su círculo íntimo y en público se manifestaba alarmado, y decía: "El Congreso está hecho un demonio y receta acusaciones como se receta agua de azúcar" Sin embargo es el 1 de abril de 1826, que Santander informa a Bolívar, en la posdata de una carta: "Ayer el Senado confirmó unas acusaciones contra Páez, ellas remitidas por la Cámara de Diputados; a mí esto me tiene muy molesto" El 10 de mayo Santander escribe a Páez y le dice: "Las acusaciones contra usted son ligeras y tendrán que probarse, porque la seguridad personal y el honor de un ciudadano, cualquiera que fuese, no debían estar a merced de unos avisos tan descarnados" Santander, por su influencia en el Congreso, hace se ratifique la persona que debe reemplazar en el cargo al General Páez, era el mismo hombre que hizo iniciar la investigación en el Congreso en su contra; el Coronel Escalona. Mayor ofensa no podía recibir el General en Jefe José Antonio Páez al ver a un tipo como Escalona con un oficio del gobierno Central nombrándolo su sucesor.
Las cartas de Páez a Bolívar tardaban mucho tiempo en llegarle y esta circunstancia trabajaba a favor de la inquina de Santander y sus cómplices en el Congreso. Solo Bolívar llega a enterarse con claridad del caso tramado contra Páez a través del Ministro José María Pando, que por esta y otras razones viaja al Perú, Pando le dice a Bolívar que teme se pierda todo lo logrado con respecto a la unión de los países de Sur América como consecuencia de la indignación existente en Venezuela por lo de Páez, por lo que cree es necesario su pronta presencia en Bogotá para evitar un enfrentamiento grave y la disolución de la Gran Colombia. Bolívar al estar bien enterado de los pormenores del caso contra Páez se desesperó y más cuando supo la reacción del Concejo Municipal de Valencia al proponer se suspendiera la medida tomada por el Congreso de relevar a Páez del mando y reclamar: ¡Bogotá debe escuchar al soberano Concejo Municipal de Valencia! Todo aquel embrollo con Páez seguramente aumento las preocupaciones de Bolívar y le haría pensar. ¿Cómo ir contra su paisano y olvidar al venezolano más fogoso, aquel que cuando Morillo llegó triunfante apareció como el último recurso de la patria dando aliento a la casi derrotada independencia venezolana? ¿Cómo podía él castigar al brazo imponente de Mucuritas, las Queseras del Medio, la Batalla de Carabobo y exterminador de los godos en el fuerte de Puerto Cabello? He allí a Bolívar y sus dificultades.
