El Libertador Simón Bolívar pasó 3 años en el Perú, 1823/1826, regresa a la Gran Colombia y entra a Bogotá el 14 de noviembre de 1826, en total había sido 5 largos años de ausencia de la capital de la Gran Colombia. Bolívar inmediatamente toma posesión de la Presidencia de la República, pero el 25 de noviembre Bolívar sale para Venezuela investido de facultades extraordinarias para establecer el orden subvertido, instigado principal y sutilmente por Santander apoyado por los parlamentarios de un Congreso que durante bastante tiempo ha venido obedeciendo sus caprichos, envidias, odios y venganzas; al salir Bolívar hacia Venezuela Santander vuelve a encargarse de la primera Magistratura Ejecutiva. Las noticias en Venezuela de la pronta llegada de Bolívar provoca que un buen número de personas se lleguen hasta Puerto Cabello para oír de propia voz lo que va a decir. El 1 de enero de 1827 en Puerto Cabello, Bolívar da conocer su decreto de amnistía para todas las personas comprometidas con la insurrección al gobierno central y su autoridad suprema es reconocida por Páez, con quien se dirige a Caracas entrando en esta capital el 10 de enero. El 6 de febrero de 1827 Bolívar desde Caracas vuelve a renunciar a la Presidencia de la Gran Colombia pero el Congreso de Bogotá nuevamente no se la acepta, más bien, le incita a que regrese a Bogotá y retome la Presidencia.
Pasado unos días en Caracas Bolívar busca en reunión con sus viejos amigos información de lo que sucede realmente entre Caracas y Bogotá, es de esta manera como conoce a profundidad las relaciones malignas que Santander ha tenido con Venezuela y sus autoridades. Se entera que el general Santander, alucinado por el poder y devorado por la codicia era más fiel a sus propios intereses que a la República y que de su administración dejaba mucho que desear. A Bolívar aquella información dada por comprobados fieles amigos le pega mucho porque él pensaba que el Hombre de las Leyes durante su ausencia había gobernado con probidad y justicia. Sin embargo Bolívar se hace el desentendido y nada comenta de las insinuaciones del odio y de la ingratitud que acompaña a Santander, sólo piensa en ser el mejor intermediario para aliviar los agravios y comenta a sus amigos: "Yo no he querido saber quién ha faltado. En esta contienda no hay más que un culpable, yo lo soy; mi regreso no ha sido a tiempo. Descargad sobre mí vuestros golpes, los cuales me serán gratos si satisfacen vuestros enconos. Deseo no haya más Venezuela, no haya más Nueva Granada, todos seamos colombianos para que no nos cubrirá la anarquía. Ya me he enterado que los legisladores de Bogotá procuran su propio bienestar personal y partidista, sacando buenos empleos y arruinando los empréstitos de la nación. ¡Qué bueno es la Vicepresidencia, con veinte mil pesos de renta, sin peligro de perder una batalla, de morir en ella, ni ser prisionero, o pasar por cobarde; como es el riesgo de un General en el ejército! Mientras en Bogotá Santander promovía una guerra psicológica entre sus conciudadanos y era tan pertinaz que el propio Bolívar se da cuenta al leer sus artículos que, con la firma de interpuestas personas, mandaba escribir contra Páez.
Bolívar sale hacia Bogotá el 5 de julio y llega a allí el 10 de septiembre de 1827 tomando nuevamente posesión de la Presidencia, pero se sabe que Bolívar no se siente bien, su pelea era ahora en un lugar fangoso, poblado de odios y triquiñuelas. Santander desde su llegada lo acosa sin piedad, sobre que Bolívar se pronuncie con respecto a Venezuela sabiendo que si transige con los perturbadores de allá le habrá dado un golpe a las leyes, y si no, probablemente encienda la mecha de la guerra civil. Era un ardid magistral del cual Bolívar no podría salir sin daño moral. Entonces Bolívar llama a Santander para una muy seria conversación sobre de hacerlo desistir de sus intrigas, Bolívar dice: "Yo vivo mortificado pensando lo que usted delibera sobre incurrir en una contradicción. En última instancia la patria no es mía ni del Congreso. No, no creo se deba esperar cinco años de infierno para discutir leyes que generen confianza.
