En Pativilca, Perú, Bolívar intima a Riva-Agüero para que se someta al gobierno legítimo con las fuerzas que estaban bajo sus órdenes, dándole toda clase de seguridades. En Huaras, Perú, se hallaba la mayor parte de las fuerzas de Riva-Agüero, mandadas por el coronel Remigio Silva, pero se retira hacia Cajamarca, Perú, al saber que se acercaban las tropas del Libertador, quien envía un comisionado a tratar con los jefes que mandaban las tropas disidentes, con la intención de persuadirlos sobre la necesidad de unirse todos para sostener la independencia del Perú. De aquellos jefes, unos se sometieron al gobierno con la tropa, y otros fueron a ocultarse hacia el Marañón, Perú. En estas circunstancias, el coronel Antonio Gutiérrez de Fuentes hice algunos movimientos tácticos en Trujillo, Perú, con el objeto de impedir los planes de Riva-Agüero. El coronel Gutiérrez de Fuentes, a la cabeza del escuadrón Coraceros, entra a Trujillo en la mañana del 25 de noviembre y hace preso a Riva-Agüero y a sus amigos, convoca a un cabildo abierto y éste respalda su conducta, por lo que se le confía el mando de todo el Departamento. La primera medida que toma Gutiérrez de Fuentes es la mandar a Riva-Agüero y a su secretario Herrera preso a Guayaquil, Ecuador. Poco después el Libertador envía una orden a Guayaquil para que los pusieran en libertad; pero que salieran para el extranjero.
Después de esto, el general Sucre resuelto a hacerse cargo del mando del ejército unido se estaciona en la Provincia de Andahuaylas, Perú, el Libertador sigue hasta Cajamarca, Perú, con el estado mayor general y allí dicta todas las disposiciones para la organización del ejército peruano, trasladándose luego a Trujillo, Perú., donde actualiza su plan para lograr la libertad del Perú; pero en verdad la situación la ve bastante complicada al presentarse a cada momento conflictos de tropas y otras dificultades, pues aún había restos de la facción de Riva-Agüero que hostilizan al gobierno y ello entorpece las medidas que deberían tomarse. Una fuerza de 2.500 hombres que se espera de Chile, enviada por aquel gobierno en auxilio del Perú, no logra llegar por accidentes particulares y la hace regresar a Coquimbo, Chile. Así se ve el Libertador sólo con sus colombianos, y privado de aquel recurso con que contaba para llevar a cabo la independencia del Perú, se ve impedido marchar contra un ejército aguerrido, de más de 20.000 hombres, mandados por excelentes jefes españoles y que contaban con ingentes recursos materiales y con partidarios en los pueblos. También se pierden 300 buenos caballos chilenos que venían para la caballería, los cuales llegados al puerto de Arica, Perú, el comandante del buque en que venían los hace degollar y arrojar al mar; por cuanto no hay forraje a bordo para alimentarlos y temerse cayeran en manos de los españoles.
Confrontando esta situación, escribe el Libertador desde Trujillo, Perú, al gobierno de Colombia, con fecha 22 de diciembre de 1823, el estado difícil de las cosas y la guerra que de nuevo tendría que sostener Colombia contra los españoles si se les dejaba adueñarse del Perú, solicitando encarecidamente al vicepresidente Santander que sometiera a la consideración del Congreso su preocupación para que accediera al envío de 9.000 hombres, sobre los 3.000 que ya estaban navegando hacía el Perú. Pedía el Libertador se le mandaran, por lo menos, 1.000 lanceros de los Llanos; de esos admirables jinetes de que no se tenía idea en el Perú. Después de esto el Libertador se dirige a Lima, Perú, y se establece en Pativilca, donde enferma de una irritación en el estómago y presenta una fiebre persistente y muy alta. Las fatigas militares, los fuertes soles de aquellos ardientes arenales y las penas del espíritu por retardarse el compromiso en que iba todo su honor, y el de Colombia, cual era el de libertar al Perú. Por todas partes se presentaban dificultades, y esto contribuía a que el Libertador se sintiera anímicamente perturbado, le preocupaba sobremanera no poder cumplir con su cometido y esto contribuye a postrarse en cama desde el 1º hasta el 8 de enero, fecha en que comienza a ceder la enfermedad; pero presentando Bolívar un estado físico tan depauperado que semeja un esqueleto.
