El general argentino José de San Martín comanda su ejército en la confrontación regular contra los españoles en el Perú, mientras el Ejército del Norte avanzaba desde Tucumán, pasando por la actual Bolivia, el Alto Perú, hacia las espaldas de las fuerzas españolas. La estrategia de San Martín combinaba formas distintas de lucha contra el Imperio, las operaciones del ejército regular con divisoria del trabajo militar y la guerrilla de la montonera gaucha a caballo, la lucha directa y la aproximación indirecta al enemigo español, la batalla abierta y la guerra de zapa; y la guerra de inteligencia en la cual se recogen datos y se desinforma al enemigo. Esa estrategia puede corroborarse en sus instrucciones en carta para Álvarez de Arenales, argentino, donde se explaya con lujo de detalles sobre la guerra de guerrillas y su combinación con la lucha de los ejércitos regulares. "Instrucciones de José de San Martín para Juan Antonio Álvarez de Arenales", fechada el 4 de octubre de 1820 en el Cuartel General del Pisco peruano. Ya en Perú, San Martín, luchando con 4.000 patriotas contra 20.000 realistas. Con sentido latinoamericanista deja sentado en la Constitución que serán considerados ciudadanos del Perú todos los nacidos en América. En el Perú lo nombran: Protector. Sin embargo el gobierno elitista y oligarca de Buenos Aires siempre le da la espalda, le niega recursos y lo deja abandonado; la oligarquía porteña se preocupa más en hacer buenos negocios con Inglaterra; sin romper del todo con España.
El gobierno de Buenos Aires bajo mandato de José Rondeau, Uruguayo, intenta utilizar los Ejércitos del Norte y de los Andes para la represión interna en las guerras civiles contra los gauchos montoneros de Artigas y ordena a San Martín lo haga también, éste se niega y desobedece. Entonces San Martín se lleva el ejército y cruza en enero de 1820 nuevamente la Cordillera de los Andes y regresa a Chile. Su espada sólo lucharía contra el colonialismo europeo y no en una guerra interna, siendo por eso que poco antes le escribe a Artigas: "No puedo ni debo analizar las causas de esta guerra entre hermanos; lo más sensible es que siendo todos de iguales opiniones en sus principios, es decir, en la emancipación e independencia absoluta de la España, y sean cuales fueren las causas creo que debemos cortar toda diferencia y dedicarnos a la destrucción de nuestros crueles enemigos; los españoles. Cada gota de sangre americana que se vierta por nuestros disgustos me llega al corazón, paisano mío, hagamos un esfuerzo y transemos en todo y dediquémonos únicamente a la destrucción de los enemigos que quieren atacar nuestra libertad. Unámonos contra los maturrangos bajo las bases que Ud. crea y que el Gobierno de Buenos Aires vea más conveniente y después que no tengamos enemigos exteriores sigamos la contienda con las armas en la mano en los términos que cada uno cree por conveniente; mi sable jamás se sacará de su vaina por opiniones políticas como estas no sean contra los españoles y su dependencia" Carta de José de San Martín al Señor Don José Gervasio Artigas, el 13 de marzo de 1819.
Véase como ese es el mismo pensamiento de Bolívar, quien se oponía en la Gran Colombia a la Guerra de Colores entre distintas partes del pueblo; para estos dos colosos el enemigo solo fue el Imperio Español, y es así como San Martín en su orden al general de Mendoza del 27 de julio de 1819, le dice: "Compañeros del ejército de los Andes. La guerra se la tenemos que hacer al enemigo, así no tengamos dinero, ni carne ni un pedazo de tabaco y cuando se acaben los vestuarios, nos vestiremos con la bayetilla que nos trabajen nuestras mujeres, y si no, andaremos en pelota como nuestros paisanos los indios: seamos libres y lo demás no importa nada. Compañeros, juremos no dejar las armas de la mano hasta ver el país enteramente libre, o morir con ellas como hombres de coraje".
