Estando el Libertador Simón Bolívar, en octubre de 1824, en el departamento de Apurímac, Perú, recibe un oficio del Congreso de la Gran Colombia adjunto a una carta fechada el 6 de agosto y escrita por el Vicepresidente Santander. Por el oficio se entera el Libertador que no podía continuar su campaña bélica por la independencia del Perú como lo venía haciendo, pues le habían anulado sus facultades extraordinarias. Bolívar mal humorado se paseaba por el corredor de la casa que estaba habitando, la tremenda noticia lo perturbaba ya de ahora en adelante no podría comandar a su muy querido ejército. Bolívar se da cuenta que todas aquellas disposiciones buscaban opacar sus éxitos militares que estaba obteniendo en el Sur, sabía aquello se debía a intrigas personales. Bolívar ya no tuvo dudas de que el Vicepresidente Santander influyó para que los diputados en el Congreso estuvieran en su contra, trataran de detenerlo y herirlo en lo más profundo de su ser. No sólo dejaba Bolívar de ejercer el mando militar sobre las provincias del sur, también se le privaba del mando del Ejército Colombiano, es esta la razón por lo que escribe de inmediato al General Antonio José de Sucre, que se encontraba en Huancayo, la ciudad más importante de la sierra central del Perú, para notificarlo de aquella mala nueva y exigiendo se viniera para traspasarle el mando y autorizarlo a que comandara el ejército en cualquier operación militar que se requiriese desarrollar.
Un tiempo más tarde el General Santander, con la velada intención de molestar más a Bolívar, le envía otra comunicación diciéndole que tratara de hacer la guerra con los recursos y tropas que tuviera a mano, que no contara con más auxilios de Colombia. Con esta carta cualquiera se da cuenta que la decisión que tomó el Congreso, atarles las manos a Bolívar en el Sur, estaba fríamente calculado por el General colombiano, por lo que Bolívar ya no cree en su insistencia en tratar de justificar que fue la mayoría de diputados que por iniciativa propia se pusieron de acuerdo en que aquella medida era para que el Presidente de la Gran Colombia no asumiera más riegos de perder la vida y quedara la Gran Colombia sin su Presidencia; aquí parte de la comunicación del General Santander al Libertador. Dice Santander en su carta: "El Congreso me ha censurado en varias ocasiones, sobre todo los diputados por Caracas, Osío y Arvelo, ellos han sido los capataces de todo, principalmente aupando se tome medidas contra el Poder Ejecutivo. Y continúa la carta de Santander diciendo: Usted y yo estábamos siempre prontos a cumplir cuanto el Poder Legislativo decretase en términos constitucionales y vista la conducta del Senado, yo me resolví a consultarles varios puntos que usted habrá visto en la Gaceta, para quitar dudas y motivos de que los representantes estuviesen interpretando la Ley a su gusto y según sus pasiones y yo al querer objetarla fin alertado que algunos diputados manifestaran que yo lo que buscaba era su muerte para asumir legalmente la primera magistratura, en vista de ello no insistí más en el asunto"
Más adelante el General Santander en su carta, haciéndose el bolsa, le cuenta a Bolívar: "He referido esto no por chisme, ni para que usted jamás manifieste incomodidad, sino que me parece que mientras más nos mostremos moderados, el triunfo será nuestro. Dispense usted estas insinuaciones, pues es arrojo dar a usted consejos, pero con la misma serenidad suplico a usted tenga la carta anónima que ha aparecido en uno de los números de El Colombiano. Es preciso, mi General, vivir persuadidos de que los hombres son ingratos y de que el honor de la República requiere todo género de sacrificios. Por Dios, mi General, no se manifieste usted sentido, porque perderemos mucho delante de Europa. Por último, ruego a usted rompa esta carta, porque me parece vergonzoso haberme ocupado de estos enredos y que sin duda no los habría mencionado si yo hubiera estado seguro de que por otro conducto no lo podría saber usted... Pero el indecoroso General Santander prosigue y por último dice en su carta: Yo no sé si seré envidioso y si me pareceré a las mujeres, pero sé que en público y privado he alabado cada uno sus acciones, sin defraudarlos en un ápice".- Sin embargo el Libertador no se chupa el dedo, él tiene profunda sospecha que las decisiones que ha tomado el Congreso debieron ser por propiciadas por Santander y que lo medular del asunto era la envidia que sentía contra Sucre por sus triunfos en el Perú.