El hecho es que el francés Agustín Horment fue el primero que avanzó e hirió mortalmente al centinela, ingresando de primero al Palacio. Un Cabo de la guardia también intentó resistir y lanzó un sablazo al joven Pedro Celestino Azuero, que formaba parte de los asaltantes. Con anterioridad ya el poeta colombiano Luis Vargas Tejada había hecho público, en un periódico, una estrofa terrible con respeto al magnicidio; dice así: Si a Bolívar la letra con que empieza/Y aquella con que acaba le quitamos/Oliva de la paz símbolo hallamos. /Esto quiere decir que la cabeza/Al tirano y los pies quitar debemos/Si es que una paz durable apetecemos.- Conocemos que los defensores del Palacio de Gobierno, en Bogotá, Colombia, fueron sometidos quedando libre el camino; es así como Juan Miguel Acevedo tomó el farol de la escalera y con esa luz subieron al segundo piso. De una de las habitaciones salió el Teniente Ibarra y recibió una herida en un brazo con un sable y entonces entraron a la habitación del Libertador. "Nos salió al encuentro una hermosa señora con una espada en la mano, y con admirable presencia de ánimo y muy cortésmente nos preguntó: ¿Qué queríamos?", dijo en enjuiciado Florentino González. "Correspondimos con la misma cortesía y tratamos de saber de ella en donde estaba Bolívar. Otro de los conjurados llegó poco después y profirió algunas amenazas contra aquella señora, yo me opuse a que la realizara manifestándole que no era aquel el objeto que nos conducía allí. Procedimos a buscar a Bolívar y un joven negro que le servía nos informó que se había arrojado a la calle por la ventana de su cuarto de dormir"
Bolívar al encontrarse en la calle con su criado Trinidad, corrió hacia el Este y se protegió bajo el Puente del Río San Agustín. "Mientras tanto disparaban el cañón del Batallón de Artillería contra las puertas del Cuartel Vargas. La conspiración había fracasado. A la salida del Palacio, Carujo eliminó de un tiro al Coronel Guillermo Fergusson, edecán de Bolívar. Yo, Azuero, Acevedo y Mariano Ospina escapamos. Horment y Zulaibar también pero primero vendaron la herida de Ibarra con la corbata de Zulaibar" Según, Florentino González, quien fue a su casa y huyó a caballo. Carujo se ocultó en la casa de un militar que se decía era entrañable amigo de Bolívar y también era su pariente.
El 29 de septiembre fueron condenados y el 30 de septiembre fusilados Horment, Zulaibar, Silva, Galindo y López. El 2 de octubre pasaron por las armas al Almirante Padilla y al Coronel Guerra. Cuando le arrancaban las insignias de General a Padilla, porque la sentencia lo condenaba a degradación, se escuchó su recia voz: "Esas no me las dio Bolívar sino la República" El 14 de octubre fusilaron al Teniente Juan Hinestroza, un sargento y cuatro soldados, todos del cuerpo de caballería. Santander fue condenado el 7 de noviembre, según la sentencia del Consejo de Guerra, "a la pena de muerte y confiscación de bienes a favor del Estado, previa degradación del empleo", Consultado entonces el Consejo de Ministros, en principio consideró la sentencia justa pero finalmente al debatir que ellos no eran jueces, recomendó la conmutación por destierro y degradación del empleo de General el 10 de noviembre; con aprobación del Libertador Simón Bolívar. El Consejo de Ministros estaba integrado por José María del Castillo y Rada, Estanislao Vergara, Nicolás Tanco, José María Córdova y José Manuel Restrepo. Restrepo, también Ministro del Interior de Santander, firmó de último el documento aprobado. Él siempre se opuso resueltamente a la máxima pena. Florentino González fue capturado por Joaquín Montero en Charalá, Colombia, y estuvo a punto de ser fusilado in situ. Lo trajeron a Bogotá el 16 de octubre y quedó preso en el Colegio de San Bartolomé que había sido improvisado como cárcel.
