Cuando Manuelita Sáenz sabe que a Santander se le perdona la vida, en tiempo record monta una parodia pública, ésta finaliza con el fusilamiento de una efigie muy parecida al General Santander. Al Salir de la cárcel Santander y emprender viaje a Santa Marta para tomar un navío y marcharse a Europa, Manuelita le pone un espía para que la mantuviera informada de cada paso suyo y, secretamente, ordena a Mariano Montilla detenerlo en Cartagena. Nueve meses lo tuvieron encerrado en las bóvedas de Bocachica, pero obligados por las exigencias de notables y por el delicado estado de salud de Santander, lo envían a La Guaira, Venezuela, pensando en que José Antonio Páez extremaría las medidas contra él (Recuérdese que Santander significó una amenaza velada para la vida de Páez, y es de allí que nace en Venezuela el movimiento de LA COSIATA); pero el León de Payara lo hizo embarcar para Hamburgo el 20 de agosto de 1829. Cuando Santander en mayo de 1829 preso en Bogotá, había enviado una carta al Presidente de Estados Unidos, Andrew Jackson, implorando su intercesión para que el gobierno de Bolívar le dejara salir al exilio en vez de mantenerlo encerrado.
A fines de 1831, el General colombiano pisaba tierra norteamericana. Desembarcó en Nueva York donde fue presentado a los personajes más distinguidos de la sociedad local. Durante unas semanas asistió afanosamente al teatro y visitó escuelas e instituciones de bien público, exactamente como antes había hecho en Europa. Viajó después a Filadelfia y a Washington D.C., donde conoce al Presidente Jackson, al senador Daniel Webster y a muchas otras personalidades gringas. De regreso a Nueva York hice escala en Bordentown, New Jersey, donde residía en el destierro el ex rey de España José Bonaparte, hermano de Napoleón. Santander hizo constar en su diario las opiniones personales sobre esos personajes y sus observaciones sobre el país, cuyas instituciones republicanas y pujanza económica le causaron honda impresión. "Donde se ve más difundida la libertad de la imprenta, la educación pública y el amor al trabajo" Probablemente el gringo común no se dio cuenta siquiera de la presencia del distinguido suramericano, pero entre personas de más alto nivel no era fácil que pasara desapercibida aquel visitante, sobre todo cuando dos de los principales periódicos neoyorquinos entablaron una polémica por la conducta política observada por Santander en su País.
Punto culminante de la estadía de Santander fue el banquete organizado en honor suyo en Nueva York, en febrero de 1832. Según el reportaje del Daily Advertiser, asistieron "Cerca de ciento cincuenta (150) respetables ciudadanos", entre ellos figuras conocidas de la política norteamericana, de los negocios, del clero protestante y algunos de la comunidad colombiana.
El 4 de octubre de 1832 Santander retornó del exilio, restituidos sus derechos y como Presidente Constitucional de la Nueva Granada. Aproximándose a la capital, Bogotá, recibe la entusiasta acogida de sus conciudadanos. En 1836: "Encargo a mis albaceas muy encarecidamente procuren que a mi hijo natural Francisco de Paula se le dé una buena educación religiosa, moral y política, lo mismo que a mis hijos legítimos, si su madre y mi esposa muriere dejándolos en estado de ser educados" El General Francisco de Paula Santander Piedrahíta Omaña Sáenz, fallece en Bogotá, el 6 de mayo de 1840 a la edad de 48. En septiembre de 1906, la Academia Colombiana de Historia, en el número 39 del Boletín de Historia y Antigüedades, publicó todo el Testamento del General Santander. En 66 años no fue publicado, aunque Santander había ordenado en la cláusula 49º "que mis albaceas y herederos publiquen este testamento íntegro o las cláusulas que les parezcan convenientes" En 1902 el secretario perpetuo de la Academia, uno de sus fundadores, a su vez director del Boletín, reprodujo la cláusula sexta: "declaro que en mil ochocientos treinta y tres, 1833 siendo soltero, tuve un hijo en persona también soltera, el cual fue bautizado en la Iglesia Catedral el veintiocho de agosto de aquel año; (28/08/1833) se llama el niño Francisco de Paula y lo reconozco por hijo natural mío"
