Por más que el General colombiano, Francisco de Paula Santander Vice-Presidente de la Gran Colombia disimula es fiel a Bolívar, ya para 1825 éste está convencido de lo falaz que es este señor y lo hipócrita que sigue siendo en su trato hacia él, es la representación más fiel de una persona perteneciente a la oligarquía colombiana. Por la posición traidora tomada por "el hombre de las leyes", Bolívar aprovechando las facultades extraordinarias que le fue otorgada, destituye a Santander del cargo de Vice-Presidente de la Gran Colombia, estos nuevos acontecimientos es que precipita la conspiración contra la vida de Bolívar en el mes de septiembre de 1828. Si la noche del 25, día en el que el Libertador se siente muy enfermo con fiebre y un acceso de tos persistente todo ello y es cuando temprano en la noche manda a que avisen a Manuela Sáenz para que le acompañe y atienda, ella como vivía a unos pocos metros de la Casa de San Carlos, residencia del Presidente, viene a Bolívar inmediatamente. A la media noche se produce el atentado y es la intervención de Manuelita lo que lo salva de una muerte segura, Manuelita le hace saltar por una ventana de la habitación, que da a la calle. Bolívar oculto por la noche recorre unas cuadras y se refugia bajo el puente del Carmen, sobre el río San Agustín y allí, empapado por un persistente llover y titiritando de frio por el ambiente y a consecuencia de su fiebre, permanece unas 4 horas, Al ser rescatado estaba pálido y demacrado, la voz era débil, los ojos sin brillo y temeroso de los enemigos.
Estos deplorables sucesos causaron en el ánimo de Bolívar una profunda y duradera angustia, sabía que ese era el principio del fin de sus proyectos de unidad continental, si, continental, por cuando ya pensaba en la división de América en 2 partes, una, con frontera Sur en el Río Grande y denominada AMÉRICA ANGLOSAJONA y la otra, con frontera Sur en la Patagonia, llamada AMÉRICA LATINA. Decía Bolívar que jamás había pensado como el odio, la envidia y la maldad fuera capaz de tronchar un sueño y desbaratar algo que proporcionaría la dicha a todos aquellos pueblos y decía, además, que jamás pensó que sus enemigos llegaran hasta el extremo de irlo a asesinar. En los días siguientes a la conspiración la salud del Libertador sufre un gravísimo quebranto, porque la amargura y la desilusión se apoderan de su espíritu, tan susceptible a los agravios. Las horas que estuvo sometido al frío y a la humedad bajo las arcadas del puente del Carmen, afectaron profundamente sus pulmones, ya muy enfermos y determinaron la presentación de los inequívocos síntomas de la enfermedad que contribuiría decisivamente a llevarle a la tumba. Bolívar ya vivía en el refugio de su dormitorio, atormentado por la fiebre y torturado por las dudas. La tos había vuelto y en sus labios con frecuencia había una saliva sanguinolenta y el rostro chupado y seco, la enfermedad lo estaba consumiendo visiblemente; su aspecto empeoraba de día en día. En reemplazo del viejo Doctor Moore lo atendía un joven médico escocés, el Doctor Richard Cheyne, de 25 años, que había estudiado en Edimburgo y que diagnosticó un retorno de la tuberculosis. "Más debilitado el cuerpo del Libertador por las fatigas de una guerra de 16 años y moralmente asesinado el 25 de septiembre, jamás se restablecería de la honda y dolorosa impresión que le causaron los puñales asesinos.
Y llegaron a Bogotá los días del terror con detenciones de todos los sospechosos, juicios sumarios, muy rápidos, condenas a muerte, fusilamientos y ahorcados en la plaza mayor, prisiones y destierros. El General Santander fue condenado a muerte pero se le conmutó la pena por prisión en Cartagena y el destierro. El Libertador pasó una larga temporada de reposo en la quinta al pié de Monserrate, con la compañía de Manuelita a quién llamaba "la "Libertadora del Libertador" a raíz de su actuación la noche del atentado. Un tiempo después viajaría a Bojacá, Colombia, y abandono definitivo del poder. Pero las circunstancias y el deseo de hacer el mayor bien a Colombia, de Bojacá parte en diciembre al Cauca, Colombia, a combatir un alzamiento del General Obando y la invasión del Perú al sur de Colombia por tropas del Ecuador con la intensión de anexarse la provincia de Guayaquil. El Libertador todavía muy débil viaja a Guayaquil, el Mariscal Sucre ya estaba en el Ecuador y quedó al mando de los ejércitos que terminó la guerra al derrotar Sucre a los ejércitos del Perú en la batalla del Portete de Tarqui el 27 de febrero de 1.829. En Guayaquil, Bolívar cae gravemente enfermo desde el 3 de agosto al 10 estando en riesgo inminente de morir, cuando ese día comenzó a mejorar.
