Después que el General Páez analiza concienzudamente del riesgo en que pudiera estar su vida si se presenta a los Tribunales de la Ciudad de Bogotá para ser juzgado por la acusación de desobediencia a un mandato del Congreso Nacional, haber alterado el orden en Venezuela y ofendido a algunos ciudadanos de Venezuela por malos procedimientos y abusos a la población al hacer tardíamente una recluta para formar un contingente de soldados, del cual una parte tenía que enviarla a la capital de la República, (La Gran Colombia) Bogotá, ello, estando él en pleno conocimiento que el Presidente de la República, de facto, no le tenía en buena estima y sabiendo que el Presidente legalmente reconocido, el Libertador Simón Bolívar, tenía algún tiempo alejado de Bogotá por estar batallando en Sur América buscado la independencia de Quito, el Perú y la fundación de la República de Bolivia, nuevo país que surge por la forzada división del Perú debido a que sus habitantes vivían en un permanente enfrentamiento; el llamado Alto Perú contra la gente del llamado Bajo Perú. Por tales circunstancias Simón Bolívar no ejercía acto alguno de gobierno como máxima autoridad ejecutiva, y analizando Páez estas cuestiones, al final decide no acatar la orden de trasladarse a Bogotá y más bien se muda para la ciudad de Valencia; en donde es propietario de una casa. Tres meses después de su llegada a Valencia surge una revuelta de ciudadanos frente al Concejo Municipal de la localidad, el día siguiente los ediles declaran que ante la alteración del orden público que se estaba produciendo en la Provincia, era necesario traer de nuevo al General Páez a la primera jefatura del país.
Simón Bolívar que había sido reelecto Presidente de la Gran Colombia, al enterarse de estos conflictos, sale el 4 de septiembre de 1826 de Lima, Perú, rumbo a Venezuela, llega el 12 de septiembre a Guayaquil, Ecuador, y el 16 de noviembre a Bogotá, Colombia, para luego marchar a Cartagena, Colombia y de allí viajar por mar a Venezuela, llegando a Puerto Cabello el 31 de diciembre de 1826. Días después Bolívar se encuentra en Valencia, Venezuela, con el General José Antonio Páez y allí ambos reafirman su amistad y unión libertadora, el Libertador le hace del conocimiento que ha dictado un decreto de amnistía general, ratificándolo a él como Jefe Civil y Militar del Departamento de Venezuela. Días después Bolívar se entera que en Bogotá el General Santander está vuelto un energúmeno, furioso, enloquecido, porque Bolívar con aquella acción a favor de Páez lo ha desautorizado y ofendido; su ego no puede aceptar tal afrenta personal. Sin embargo, esta justa iniciativa llevada a la práctica por el Libertador, lo que hace es renovar, actualizar, las rencillas y las divisiones entre los venezolanos y neogranadinos, también se reaviva la solicitud de Reformas Constitucionales pedida por la ciudadanía hacía algún tiempo atrás.
El general Páez refiere en su Autobiografía el encuentro con Simón Bolívar de esta manera: "Sabiendo que el Libertador venía de Puerto Cabello a Valencia, donde yo me hallaba, salí a recibirle el 4 de enero, y al encontrarnos al pie del cerro de Naguanagua, nos abrazamos cordialmente. Recuerdo un lance que proporcionó a Bolívar la ocasión de mostrar su ingenio; siempre fecundo en circunstancias oportunas. Después de abrazarnos las guarniciones de las espadas que llevábamos ceñidas se entrelazaron, de tal modo, que necesitamos algún tiempo para desprenderlas. Mientras tanto, Bolívar sonriéndose me decía, como hubiera dicho un general romano en iguales circunstancias: ` Este es un buen presagio, general, que nos anuncia la suerte que nos ha de caber en lo futuro´ Así ha de ser mi General Bolívar, por lo que le propongo que este suelo que fue teatro de una escena tan nueva como sensible, sea cambiado en un monumento que excederá en grandeza y duración, él recordará a la posteridad, no la soberbia de los conquistadores, sino la obra sublime del patriotismo, de la civilización y de la amistad"
