Lograr la santificación del doctor José Gregorio Hernández ha sido un calvario. En diversas regiones del país es común observar placas de agradecimiento al Siervo de Dios. En su población natal, Isnotú, estado Trujillo, Venezuela, en el Parque Espiritual que se encuentra al lado del Santuario del Niño Jesús, existen unas 2 mil muestras de reconocimientos por haber intercedido en la curación de enfermedades de las personas. Entre ellas una por la sanación milagrosa de la paciente venezolana María Sánchez, a quien le diagnosticaron un tumor maligno en su seno izquierdo en abril de 2011. Llamó poderosamente la atención de los médicos Raúl Díaz Castañeda y Francisco Marval, quienes consideran que este caso es un milagro. Díaz Castañeda documentó el caso clínico y sostuvo largas conversaciones con la paciente. La inexplicable desaparición del cáncer en la mujer lo motivó a publicar un documento llamado El Milagro, encartado recientemente en el Diario Los Andes, del estado Trujillo. María Sánchez, en la publicación, relata cómo fue curada por el Siervo de Dios: "Le pedí con fervor al doctor José Gregorio Hernández que me sacara de ese trance y me quedé dormida. De pronto me desperté humedecida por algo caliente que era sangre. La lesión se me había abierto y sangraba, me llevaron de urgencia al doctor que me examinó y cerró la herida con sutura. Volví al día siguiente para que me operaran, pero no tenía nada, el tumor había desaparecido" El médico Díaz Castañeda de origen larense y radicado en Trujillo, tiene la certeza de que esta curación es inexplicable, en el plano de la ciencia: "Se trata de un caso insólito, cuando lo analizamos con especialistas y vemos los resultados de las pruebas, las fechas y la repentina desaparición del tumor, no quedan dudas". Asimismo, Francisco Marval, expresidente del Colegio de Médicos de Trujillo y especialista en cirugía oncológica, considera que la historia clínica de María Sánchez es un "verdadero milagro"
Otra paciente de procedencia zuliana asegura haber sido operada recientemente por el doctor José Gregorio Hernández, en una clínica de la ciudad de Valera en el estado Trujillo. Judith del Valle Pérez Pastrán, nativa del municipio Simón Bolívar del estado Zulia, sostiene que fue intervenida por el siervo de dios de un tumor en la médula ósea. Pérez Pastrán, la paciente ofreció su testimonio personal, indicando que desde hace cinco años le fue diagnosticado por galenos zulianos una fuerte leucemia. Agregó que de acuerdo a los profesionales de la medicina zuliana no había nada que hacer, dado que si la operaban corría el riesgo de morir ante lo intrincado del tumor localizado en una parte sujetada por el sistema nervioso, por lo cual le recomendaron sólo tratamiento médico hasta su fallecimiento. Ahora luego de varios años asegura que se encuentra sana gracias a este milagro. Año tras año sus devotos esperan que la beatificación de José Gregorio sea aprobada, pero la misma se ha quedado estancada. Aun cuando son innumerables las sanaciones.
El hecho de que José Gregorio Hernández no perteneciera a ninguna congregación religiosa, la falta de recursos económicos para costear el seguimiento de la causa, la mezquindad y hasta el tema político se cuentan entre las principales razones por la cuales José Gregorio Hernández no ha logrado ser canonizado. Mientras el pueblo sigue dando fe de los numerosos milagros concedidos por el popular médico, la Santa Sede no da señales sobre el avance del caso. Año tras año sus devotos esperan que José Gregorio sea elevado a los altares, pero ello se ha quedado estancado, aun cuando son innumerables las sanaciones que se le atribuyen y las oraciones que eleva su pueblo, esperando un milagro, y que verificable, según han señalado representantes de su causa. El hecho de que el Doctor José Gregorio Hernández no perteneciera a ninguna congregación religiosa, la mezquindad, la falta de recursos económicos para costear el seguimiento de la causa y hasta el tema político, se cuentan entre las principales razones por la cuales José Gregorio no haya logrado alcanzar la canonización.
