La pensión que le asigna el Congreso de 30.000 pesos, Bolívar la renuncia porque decía no necesitar de ella para vivir y que el tesoro público estaba exhausto. Trató el Libertador de ver si por vía de negociaciones con los jefes españoles detenía un poco sus operaciones bélicas, mientras recibía auxilios de Colombia, y con tal objeto se dirige al Presidente Torre Tagle. De acuerdo con éste fue a tratar con el Virrey Laserna y el ministro de la guerra del Perú Don Juan Berindoaga, quien llega hasta Jauja y allí habla con el brigadier Loriga, autorizado por Laserna, pero nada se adelanta con esta negociación sino poner la causa del Perú a punto de perderse, porque después se supo el comisionado por parte del Presidente del Perú no había ido sino de parte de éste para vender su patria y sacrificar el ejército colombiano. No se veían en el Perú más que traiciones y así fue entregada en esos mismos días la plaza del Callao a los españoles. Estaba de guarnición en ella el batallón Vargas de la guardia colombiana, el cual recibe órdenes de marchar a Cajatambo, Perú. Entraron entonces en su relevo fuerzas argentinas y chilenas que mandaba el general Alvarado, estas tropas sufrían la miseria pero como no tenían la resignación de las colombianas, se dejan seducir por algunos sargentos y cabos sobre quienes ejercía influencia el sargento Dámaso Moyano; que estaba de acuerdo con los realistas.
El 5 de febrero 1824 sorprenden al comandante de la plaza, general Alvarado, y lo reducen a prisión, lo mismo que al comandante Marín Vivero y a todos los oficiales, recibiendo éstos mal trato como la tropa, queriendo se les trasladase a Chile y Buenos Aires. Todo este embrollo entre peruanos, chilenos, argentinos bien pronto se ve una sublevación y antes de 24 horas ya estaba enarbolado el pabellón español en la fortaleza del Callao y puestos en libertad todos los realistas que estaban presos; entre los cuales se hallaba el general Casarriego, quien toma el mando junto al sargento Moyano; y Laserna manda inmediatamente al despacho del comandante Marín Vivero. Así premiaban los liberales españoles la traición, de un modo tan espléndido como inmoral, porque no es conforme a los principios de moral premiar las malas acciones que nos son favorables; porque esto sería profesar la doctrina condenada por el cristianismo de que el fin justifica los medios. Los que si tienen respeto por la moral pagan de otro modo esos servicios para no dar escándalo. Este general Casarriego, del ejército español, pide luego al gobierno del Perú 100.000 pesos por volver a entregarle la plaza del Callao, y por no haberlos en el tesoro no verifica este traidor la entrega. Él debía creer que las traiciones eran no sólo lícitas sino laudables y dignas de recompensa; según la moralidad de aquellos jefes españoles. La plaza del Callao fue ocupada al fin del mes por 3.000 hombres al mando del brigadier Monet y el general Rodil; que habían bajado de Jauja.
La pérdida del Callao, aumenta las dificultades al Libertador, que careciendo aún de los recursos necesarios para llevar a cabo la independencia del Perú, se encuentra, por esta desgracia, con la pérdida de los almacenes del Callao que contenían un gran depósito de armas, municiones y demás elementos de guerra. Todo lo que perdía el ejército libertador lo ganaba el enemigo, que aumentaba en fuerzas cada día. El Libertador instó nuevamente al gobierno de Colombia por pronto auxilios, pedía 14 o 16.000 hombres, entre los cuales debían contarse 1.000 lanceros del Llano, 2.000.000 de pesos, buenos oficiales de marina, fusiles, aparejos náuticos, lonas, hierros, vestuarios y otros útiles y equipos para los buques. Pero el gobierno no podía disponer nada de esto sin que el Congreso lo decretara, y éste aún no se había reunido; así le contestó el vicepresidente Santander al Libertador, aumentando las penas de su espíritu porque veía venir sobre sí una gran tormenta, sin tener las fuerzas suficientes para resistirlas, siéndole imposible la retirada para salvar siquiera el ejército colombiano; puesto que tenía que atravesar inmensos desiertos de arenales. ¡Situación espantosa en que veía comprometido el honor de Colombia y el suyo propio! Por ese mismo tiempo se lidiaba con los pastusos colombianos encabezados por el coronel Agualongo; y este era otro cuidado que atormentaba el espíritu del Libertador. Bolívar insistía en solicitar al Vicepresidente de Colombia, general colombiano Santander, le enviara auxilios para el Perú, pero era conocido por algunos patriotas que Santander estaba dentro de la traición, y se valía de cualquier excusa para no mandar ese auxilio.