El colombiano Francisco de Paula Santander hace se arriesgue la independencia lograda en la región.
Para mayo de 1821 se convoca en Cúcuta una Asamblea para ratificar la primera Constitución de Colombia (Gran Colombia) Allí, ante la confianza de Bolívar en Santander, permite a éste enviar juristas y políticos que actuarían conforme a su interés. Es así como los jefes de la bancada neogranadina, Francisco Soto, Vicente Azuero y Diego Fernando Gómez, son instruidos para confrontar, en la Asamblea, cualquier proposición proveniente de la gente del Libertador. De manera que la creación de la Nueva República se organizó sobre una vehemente disputa. Los abogados y los burgueses, que no habían prestado servicios militares en la creación de la patria, de golpe se colocan por encima de los héroes guerreros. Sin embargo Bolívar presiona y hace que Antonio Nariño sea nombrado Presidente de la Asamblea de Cúcuta, éste presenta un borrador de Constitución pero cada artículo es torpedeado por la mayoría de delegados que votan sistemáticamente contra ellos y dan apoyo a aquellos que proponen los santanderistas. Finalmente Nariño, paisano de Santander, enfermo se retira de la Convención y es nombrado Senador por Cundinamarca, y Santander, sin ninguna clemencia, hace que sus delegados, Azuero y Gómez, impugnen este nombramiento acusándolo de "deudor fallido de la renta de diezmos, por haberse entregado al enemigo en Pasto y permanecer fuera del país muchos años". Estas acusaciones Santander, personalmente, hace se publiquen para golpear la imagen de Nariño, que apesadumbrado muere poco tiempo después.
El 13 de junio de 1821, poco antes de la victoria de Carabobo, Bolívar en carta a Santander da su dictamen sobre el Congreso de Cúcuta:"… ¿No le parece a usted, mi querido Santander, que esos legisladores más ignorantes que malos, y más presuntuosos que ambiciosos, nos van a conducir a la anarquía y después a la tiranía, y siempre a la ruina? Yo lo creo así..." El siguiente momento de la traición a Bolívar es orquestada por Santander y ocurre a partir de 1823 cuando Bolívar se traslada al Sur para la campaña por la libertad del Perú, y Santander le niega ayuda económica y militar al ejército libertador, llegando a promover en el Congreso quitar todo mando militar de Bolívar sobre las fuerzas armadas colombianas; con la excusa de que estaba fuera del país. En una carta suya a Bolívar el 1 de mayo de 1824, cuando ya éste visualizaba la formación de una confederación hispanoamericana, Santander deja ver su falta solidaridad y al contrario demuestra una actitud claramente contraria a la unidad continental: "... Yo soy gobernante de Colombia y no del Perú: las leyes que me han dado para regirme y gobernar la República nada tienen que ver con el Perú y su naturaleza no ha cambiado porque el Presidente de Colombia esté mandando un ejército en ajeno territorio. Demasiado he hecho enviando algunas tropas al Sur; yo no tenía ley que me lo previniese así, ni ley que me pusiese a órdenes de usted, ni ley que me prescribiese enviar tropas al Perú cuanto usted necesitase y pidiese".
Es así como Santander escudándose en supuesta legalidad sigue su persistente traición a la lucha por la libertad e independencia, que aún no estaba asegurada. El 4 de mayo Bolívar le recuerda: "Mandándolos usted a Guayaquil, los manda usted a defender el territorio de Colombia, que demasiado se halla amenazado". El 24 de mayo Santander comunica a Bolívar que "Se está discutiendo en el Congreso si siendo usted el gobierno del Perú, conserva en Colombia las facultades de la ley de 9 de octubre" (por la cual a Bolívar se le concedían facultades extraordinarias para gobernar las provincias del Sur y dirigir el ejército colombiano, estando en Perú).
José M. Ameliach N. Abril de 2016