En su magistral obra Historia de la Guerra Federal página 781 Lisandro Alvarado relata la muerte de Zamora:" Aunque sea vulgarmente admitido, y esto de fuente Federal, que sus compañeros mandaron asesinarlo (Véase: Bigotte, El Libro de Otro- Olavaria, Estudios X Página 381). En esta última obra se haya la redacción más exacta que se conoce respecto a la muerte de Zamora, que fue inscrita por "Un Incógnito" o sea el señor Higinio Bustos). Es lo cierto que al aproximarse a la línea atrincherada del poniente, con el objeto de examinar un parapeto que se empezaba a construir para el ataque, una bala de rifle le entró por un ojo y en el acto le dejó sin vida.. Zamora había desconocido la autoridad de Falcón. Ligábanlo con esto lazos de familia, siendo así que arrastrando una fuerte oposición contrajo Zamora matrimonio con una hermana de Falcón, al cual solía llamar familiarmente Juan. A fines de 1858 y principio de 1859 ya existían ciertas rivalidades entre ambos, mientras conspiraba el primero en Curazao y último en Santómas, siendo formadores de aquellas Antonio L. Guzmán y Napoleón S. Arteaga por parte de Zamora y Antonio Guzmán Blanco y Jacinto Regino Pachano por parte de Falcón. Mas graves es el altercado de entre ambos en Guanare, al aproximarse Ramos, con motivo de la defensa de esa plaza, y el que más tarde, en la marcha hacia el centro, desobedeciese Zamora la orden general de Ospino disponiendo seguir a Barquisimeto y arrastrarse el ejército hacia San Carlos. Es evidente que estos representaban dos tendencias muy diferentes para el liberalismo, y que tarde o temprano tenían uno u otro que arrancar la autoridad de su contrario o provocar ambos un tremendo cisma. Con todo, el carácter mismo de Falcón basta para alejar la idea de un asesinato emanado de sus presentimientos o premeditado por él. Sea como fuere, una vez consumada la muerte de Zamora, que fue el 10 de enero de 1860, procurose no lo supiesen los suyos, enterrando secretamente el cadáver; aunque en vano, pues luego cundió para ello la fatal noticia" P- 782.

En las Obras Completas de Alvarado aparece un reportaje sobre la visita que hizo Cipriano Castro al Estado Zamora en 1904, en él se describe un tributo que el primer mandatario le hace a Ezequiel Zamora: "Amaneció el 13 de junio. Un recuerdo grato y profundo de la fiesta quedaba en los corazones. A estos legítimos y vivísimos placeres del mundo civilizado, a estas risueñas emociones que traía la visita del Presidente, era preciso añadir un recuerdo al pasado, a los que dejaron sentadas las sólidas bases del edificio liberal a costa de su vida. El General Castro resolvió visitar la casa en que sucumbió el valiente ciudadano, y en compañía del general Gómez y de los doctores Torres Cárdenas, Revenga, Iturbe y Monte Negro, se dirigió allí. El doctor Monte Negro es uno de los pocos superviviente de la guerra federal. Era justamente el que departía con Zamora poco antes de su muerte, en momentos en que éste observaba desde el Templo de San Juan las posiciones del enemigo. El doctor Monte Negro, de pie en el atrio del viejo Templo, comenzó su narración; y diciendo y haciendo se dirigió con el General Castro a las casas que sucesivamente ocupó Zamora, hasta llegar al sitio en donde recibió la herida mortal, y luego tornaron todos a la casa en que furtivamente fue enterrado el cadáver.

Atentamente oía aquello el general Castro, mostrando gran interés en el relato, en adquirir los menores detalles del hecho, en poseer un conocimiento exacto del memorable acontecimiento, en aclarar los errores que han prohijado banderizas pasiones, en hallar algún día los restos del general federalista. ¿De donde vino la bala exterminadora que mató al valiente ciudadano? ¿Donde están los restos exhumados en 1868, donde el cráneo perforado que debía ir al Panteón? El doctor Monte Negro emitió francamente su opinión sobre estas dos cuestiones, de que tanto se ha hablado en varias ocasiones" P- 1.276

En otro escrito titulado El Movimiento Igualitario en Venezuela, que fue su discurso de incorporación a la Academia Nacional de la Historia el 19 de abril de 1923, defiende a Guzmán Blanco a quien Juan Vicente González y el propio Cecilio Acosta acusan de estar involucrado en la muerte de Zamora. Guzmán Blanco fue aliado de Falcón. Pocos días después de la Batalla de Coplé escribía a su padre ponderando el genio de Zamora, lamentando todavía su muerte y testificando el punto, más tarde tan discutido, concerniente a la secreta fosa en la que fue depositado el cadáver del General Federalista" P- 1.362. Guzmán Blanco fue secretario de Zamora "… murió a mi lado, cerré los ojos y deposité en su secreta tumba" (Carta del 22 de febrero de 1860. Guadarrama a Curazao). En este discurso Lisandro Alvarado reconoce el papel de Guzmán Blanco al contemplar la magnitud de su obra, reconociendo el autoritarismo de la época.

En esta misma obra aparece una pequeña biografía del líder federalista: "Este caudillo, comerciante en un principio, había nacido en Cúa el 1º de febrero de 1817. Hizo parte de la conocida pasión de Rangel, y anduvo insurrecto con él en la Provincia de Aragua. Muerto Rangel y hecho Zamora prisionero en 1847 fue luego enjuiciado y sentenciado a muerte como conspirador el mismo año, pero la administración de Monagas le protegió, lo mismo que a Guzmán: conmutósele la pena en 10 años de presidio cerrado, que no llegó a cumplir y recibió al contrario sus ascensos como servidor de la causa. Vémosle así con el grado de Comandante pelear en Quisio a las órdenes de M. Baca en Villa del Zulia a las de Justo Briceño en 1848 y en Casupo al año siguiente donde fue abatido por el Coronel C. Minchin. Al triunfar la revolución de Marzo, descontento con el nuevo orden, fue expulsado y se refugió en la Islas de Curazao. Una circunstancia nos dirá si llevaba en su pecho el hervor de una venganza que, para ser quien era, no podía lavar mas que con sangre." (P. 631-632)