El historiador, su carácter de cientificidad, lo que lo hace distinto al cronista espontáneo, al hombre curioso, al relator de cuentos, es además del uso de las fuentes, escritas y orales, es su capacidad argumentativa, que no responde solamente a caprichos y pasiones –aunque estas últimas sean necesarias y fundamentales en el trabajo del historiador- sino que existe una coherencia y hay un dominio teórico y filosófico que hace ver a la historia mucho más allá de una descripción de hechos aislados.
Sin bases teóricas y filosóficas -que no es simplemente citar algunos autores y referencias para el relleno y que en muchos trabajos o autodenominadas escuelas se reproducen y se multiplican por igual, en eso que llaman los metodólogos el marco teórico- no hay ciencia, no hay investigación, hay solamente recopilación de datos e información periodística, descripción etnográfica, que puede ser válida, interesante, útil, pero no es ciencia. Tampoco se trata de caer al contrario de aquellos, muy pocos, por cierto, que solo se dedican a intentar construir teorías y filosofar sobre la historia pero que nunca han hecho investigación empírica, que no han ensuciado sus dedos en los polvorientos archivos ni han manifestado interés por el estudio de un proceso, un hecho, una localidad, unos personajes, sino solo recopilación de fuentes secundarias y especulación. Ambos, tanto el pragmático historiador como el creativo especulador y filósofo deben conjugarse.
La historia requiere de un campo de estudio particular, en este caso el tiempo histórico, que no es estático que no puede ser parcelado y visto a través del microscopio, es un tiempo dinámico que se confunde con el presente, ya que es desde este dónde partimos, vemos con los ojos del presente y es lógico que así sea, pero es necesario tener claro los peligros de interpretar el pasado con los modelos, categorías y teorías que privan en la actualidad. Pero la historia además requiere del conocimiento que producen las otras ciencias, porque siempre hacemos historia de la economía de la política, de la cultura, del espacio geográfico, es una historia de hombres no de seres inanimados, metafísicos. La historia también debe tener un sentido, una filosofía orientadora y una axiología, que nos permita asumir posición frente al mundo, no ser simples espectadores o narradores.
Florez Malagón (2000) hace una fuerte crítica a las deficiencias onto epistemológicas de la historiografía actual. Según su visión, no pasa de las simples generalidades sobre la modernidad y la posmodernidad, advirtiendo que este aislamiento teórico y filosófico no es reciente, que desde los griegos y quizás solo hasta el siglo XIX la historia fue mero relato, una descripción de hechos y es solo a partir de su institucionalización, a través de la enseñanza académica con lo nuevos estados nacionales, que empieza a llamarse así misma ciencia: "Tristemente las discusiones epistemológicas de los historiadores rara vez alcanzan un nivel alto, y las posiciones filosóficas rápidamente se reducen a posiciones políticas simples" (p.29).
En una crítica a la corriente de las mentalidades de la Escuela de los Annales, señala que esta no representa realmente estudios culturales sino relatos culturales de orden descriptivo y subjetivo, señalando que es solo a partir de la década de los noventa del siglo pasado cuando esta visión comienza a producir algunos cambios.
Santana (2005) en una retrospectiva de la escuela de los anales señala los aportes significativos de estas corrientes, enfrentadas al positivismo y al historicismo, tanto en las síntesis históricas como la tendencia a la interdisplinariedad, la sustitución de la historia relato por la historia problema. Reconoce este autor que los fundadores, Febvre y Bloch, se dedicaron fundamentalmente a un cambio en la visión metodológica de la historia estudiando las estructuras, coyunturas, las regiones históricas, implementando el concepto de civilización y así comparar distintas formaciones sociales, el concepto de historia total, la pluralidad temporal de Braudel.
Sin embargo, considera: "que los fundadores de Annales conciben la renovación de la historia casi exclusivamente como una empresa metodológica y técnica, como una empresa que remite a la práctica investigadora más que a la elaboración de un cuerpo teórico alternativo al de la historia tradicional" ( P.62). Más adelante agrega "el análisis social carece de una base conceptual sólida, pero es en el análisis económico donde las deficiencias son más patentes y donde la filiación política de la escuela se hace más nítida". (P.63).
