Sigue contando el General Santander, en el careo durante el juicio que se le sigue por su implicación en el intento de asesinato del Libertador la noche del 25 de septiembre de 1828. "Una noche en su casa, González me preguntó si por las circunstancias del país se verificase un cambio, me pondría al frente del Gobierno y le dije que no me mezclaría en ninguna conspiración. Que lo había invitado a formar sociedades para estudiar la situación del país, con las cuales se entendiera el Libertador, pues así estaría ante un pronunciamiento nacional. Le dije que mientras yo esté en Colombia me opondré al proyecto que ustedes se traen entre manos" Florentino González dijo "No creo posible el General Santander no haya estado en conocimiento alguno de la conjuración a que se alude" Como el gobierno quería estar seguro de la real situación de Santander, se comisionó al General Pedro Alcántara Herrán, intendente de Cundinamarca, Colombia, para que acordara con Pedro Carujo los términos del indulto y la promesa del salvoconducto para salir del país. Herrán escribe: "Señor Comandante Pedro Carujo. Bogotá, octubre 22 de 1828. Yo me alegro de ser el órgano para dirigir el salvoconducto que se le ofreció en los términos en que va. He hablado al Libertador sobre su contenido y me ha infundido absoluta confianza. Consúltese usted consigo mismo y resuélvase sin dilación. Muy satisfactorio me sería haber tenido alguna parte en la salvación de su vida y me hallo demás decidido absolutamente a hacer a usted cualquier servicio compatible con mi destino público"
Ese día, provisto del salvoconducto, se entregó el jefe de la conspiración y asesino de Guillermo Férguson en el asalto al Palacio. Lo interrogaron por 48 horas y, al no hallar lo que buscaban, engrillado lo encerraron en un calabozo. El 2 de noviembre Carujo tuvo un careo con González y con Santander, éste último declaró que una noche Carujo estuvo en su casa, con motivo de dar los parabienes al señor Vallarino, era la segunda vez que se veían en Bogotá y jamás se habían tratado. Carujo le habló del esfuerzo que se estaba haciendo para restablecer la Constitución y le comentó que ya González le había hecho sobre eso alguna indicación, y que le respondió que se opondría a todo acto mientras él estuviese en Colombia. Y aclaró que cuando Carujo le dijo que iban a matar a Bolívar en Soacha, Colombia, le contestó que "por ningún motivo se pensase en ello, que en el momento fuera a impedirlo". Carujo le prometió impedir el atentado. Dijo Santander que él no tenía nada que ver con la conspiración. Que con nadie había hablado de eso, y que su nombre era usado para ganar adeptos.
El 7 de noviembre se sentenció a pena de muerte al General Francisco de Paula Santander. El 10, el Consejo de Ministros pidió la conmutación de la pena: "Si contra el General Santander existieran las pruebas de su cooperación en la noche del 25, el Consejo no titubearía en aconsejar al Libertador Presidente que mandase ejecutar la sentencia pronunciada el 7 de este mes, pero no existiendo estas prueba y no perdiendo de vista que el General Santander ha manifestado que impidió el asesinato del Libertador, que se intentó cometer en el pueblo de Soacha es de opinión que el Gobierno obraría mejor conmutando la pena de muerte en destitución de su empleo y extrañamiento de la República. ¿Y quién podría pasar al patíbulo al General Santander, Vicepresidente de Colombia, el hombre más importante de la Nueva Granada, cuando en el Sur Obando y López se levantaban? El Libertador conmutó la pena a Santander por exilio perpetuo.
