Para la fecha en que se realiza el Congreso de Panamá, junio a julio de 1826, existen unas confrontaciones intestinas entre algunos países de Latinoamérica y en consecuencia las deliberaciones allí no eran del todo armoniosas, Había pleito entre Perú y la Gran Colombia por la provincia de Guayaquil, así como un litigio entre México y Centroamérica por la región de Soconusco, actual Chiapas, todo ello impide discutir con serenidad la aplicación del uti possidetis como criterio para las delimitaciones territoriales tomando como base el año 1810. Ante los desencuentros en las conversaciones sobre este tema, y para evitar el agravamiento de las pugnas ya existentes, estas cuestiones no se resuelven en el debate; encargando la definición de fronteras a los acuerdos bilaterales entre los países afectados.
La negativa de cada país participante a reducir sus aranceles, anula todo intento de fijar acuerdos preferenciales de comercio, ello por ser evidente los desequilibrios en la balanza comercial de cada país asistente. Los recién independizados países participantes dependen mucho de los aranceles como fuente de ingresos para sus gobiernos, por lo cual se niegan a toda concesión al respecto. La exigencia del observador británico para contar con acuerdos comerciales de manera separada con cada Estado, impide las posiciones comunes entre los países hispanoamericanos, y el Congreso decide entonces mantener el status quo sobre los aranceles y el comercio. El intento de estimular la independencia de Cuba y Puerto Rico quedó anulado por la opinión contraria del observador británico, quien advirtió los riesgos de lanzarse a una guerra contra España en la región del Mar Caribe donde otras potencias como la propia Gran Bretaña y Francia poseían colonias. Por la presión británica se descarta el invocar el apoyo de EEUU para instaurar por la fuerza la Doctrina Monroe en tanto los estadounidenses eran el principal socio comercial de Cuba y Puerto Rico.
Los embajadores acordaron con relativa facilidad la creación de una liga de Repúblicas Americanas con jefes militares comunes, formar un pacto mutuo de defensa, y una Asamblea Parlamentaria Supranacional, aunque sin acordar detalles específicos sobre el funcionamiento de ésta, ni sobre la organización de las tropas comunes de defensa. Con muchas limitaciones se elaboró al fin el documento "Tratado magnífico titulado de la Unión, de la Liga, y de la Confederación perpetua" aprobado por todos los concurrentes y ratificado en última instancia solamente por la Gran Colombia en el mismo año de 1826. Al terminar las sesiones en la ciudad de Panamá el 15 de julio, los delegados mexicanos sugieren reiniciar el Congreso en Tacubaya, localidad a las afueras de la Ciudad de México, opción apoyada de inmediato por los delegados peruanos y centroamericanos, y que los representantes de la Gran Colombia aceptan para evitar las acusaciones de que el Congreso quedaría bajo la influencia omnímoda de Bolívar.
