Unos días antes de levantarse las sesiones del Congreso de Panamá en aquella ciudad, el 15 de julio de 1826, se observa una actitud de confrontación entre los delegados partidarios del Vice-presidente de la Gran Colombia, General Francisco de Paula Santander, quien había estado encargado de la Presidencia por 4 años consecutivos motivado a que Bolívar, el Presidente, anduvo de viaje por el sur de Sur América ocupado en su afán libertario. A esa altura del desarrollo del Congreso, los delegados de Santander no tenían que disimular estar en contra de muchas de las ideas del propio Bolívar, pues ya Santander se había acostumbrado a estar frente al poder y había ya manifestado públicamente quería seguir allí, esto lo lleva a trazar un complot contra el Libertador Simón Bolívar, y comienza por imponer la presencia de una mayoría de delegados suyos al Congreso de Panamá, con la perversa intención de aupar el fracaso de sus proyectos de unidad de pueblos.
Ante de finalizar el Congreso en Panamá, se había decidido que un miembro de cada delegación volviera a su país de origen y el otro partiera a Tacubaya, Méjico, en donde proseguiría las deliberaciones. El clima político antibolivariano suscitado en Lima, causa que los dos delegados peruanos, Manuel Lorenzo de Vidaurre y Manuel Pérez de Tudela vuelvan a su país. En agosto de 1826 los delegados de Méjico, Gran Colombia y Centroamérica, José Domínguez, Pedro Gual, y Antonio Larrazábal, se reúnen en Tacubaya; seguido por el observador estadounidense John Sergeant. Al conocerse que Perú y Centroamérica no ratifican el "Tratado magnífico titulado de la Unión, de la Liga, y de la Confederación perpetua", el gobierno mejicano pierde el entusiasmo e interés por proseguir las deliberaciones del Congreso Anfictiónico, mientras tanto el delegado de Estados Unidos, John Sergeant, manifiesta a los demás representantes que sus instrucciones se limitan a negociar acuerdos de comercio con las repúblicas hispanoamericanas, que su gobierno rechaza integrarse en una confederación continental y que EE.UU., también niega su apoyo a toda acción de guerra contra España en la región caribeña. Todas estas exposiciones de Mr. Sergeant son ratificadas por el embajador estadounidense en Ciudad de Méjico; lo cual termina por frustrar otro de los objetivos en la agenda del Congreso.
Las propias convulsiones internas de la política mejicana impiden la reanudación del Congreso, y el 9 de octubre de 1828 los delegados originales de la Gran Colombia, Méjico y Centroamérica declaran la conclusión definitiva del Congreso Anfictiónico. Esta cancelación anticipada del Congreso provoca en Bolívar una gran frustración, pues considera ha sido traicionado por su propia gente y que la persona a quien le manifestó la mayor confianza y dio todo el apoyo posible, fue el artífice que destruyó el mayor de sus sueños, ver formarse en América 2 continentes, uno de origen latino, que se extendería desde la frontera norte del Rio Grande, EE.UU., hasta la Patagonia en el sur; y el otro continente americano conformado desde la frontera sur del Rio Grande, EE.UU., hasta las costas marítimas norte de Canadá.
