Simón Bolívar en Pativilca se recupera lentamente de su enfermedad y ya repuesto sigue viaje al puerto de Trujillo, Perú. El general Córdoba que venía de Guayaquil a Trujillo con el ejército colombiano al encontrarlo relató: "parecía mucho más viejo de los 41 años con que en realidad contaba, con profundas ojeras, escapado milagrosamente de la muerte, su estado general era el de una persona sumamente débil" Se recuperó completamente y fue capaz de dirigir la organización del ejército, ascender la cordillera y llegar a la sierra con alturas de 3.000 metros y más sin desfallecer ni enfermar del "soroche", pasar el cerro de Pasco, Perú 4.331, metros, y en las llanuras de Junín dirigir la batalla que derrotó a los ejércitos españoles el 6 y 7 de agosto de 1.824. Luego se dirige a Lima y se prepara para comandar el ejército patriota para una batalla muy importante como era la Batalla de Ayacucho, pero sucede que unas semanas antes de realizarse se entera que el Congreso de Bogotá aprobó una ley que prohibía a Bolívar dirigir personalmente las tropas gran-colombianas en el extranjero y entonces Bolívar delega el mando en el general Antonio José de Sucre. A bolívar se le ordena que ni siquiera puede ser observador de la en esa batalla. Bolívar ve en todo esto la manipulación que ejerció Santander para que la mayoría de diputados que el domina apruebe esta extraña y absurda ley, tan solo persiguiendo quitarle a Bolívar el protagonismo y probable reconocimiento obtendría al salir victorioso en tan importante y decisiva batalla en la independencia del Perú.
Después de la Batalla de Ayacucho del 9 de diciembre de 1824, el general venezolano Antonio José de Sucre, es honrado con el título de Mariscal de Ayacucho. Bolívar fue capaz todo deprimido por la decisión del Congreso bogotano, decide volver a la sierra, ir al Cuzco y luego al Alto Perú, en donde fundaría la República que lleva su nombre. Los oficiales militares se asombraban de la resistencia de Bolívar para aguantar todas aquellas ofrendas y las caminatas extenuantes y poder aguantar tantos infundios de su propia gente, uno de estos oficiales dice, "solo un enamorado puede hacer todas estas cosas, y sin duda el general Bolívar está enamorado de su proyecto de la unión de estas naciones" Unos años después, en los últimos meses de 1.827, meses decisivos para su obra de unidad amenazada con derrumbarse, se observa en Bolívar bruscos saltos de entusiasmo seguidos casi inmediatamente de verticales caídas de ánimo, que obedecían a la decadencia de su salud y a su escepticismo frente a los problemas a los que se hallaba enfrentado en aquellos momentos, con el Congreso de Bogotá, dominado por el ya reconocido enemigo suyo el colombiano Vicepresidente Santander, desde hace tiempo lo ataca políticamente, pero que antes lo hacía de manera encubierta y ahora está obligado a hacerlo de frente y por ello teme que su obra política comenzara a derrumbarse en el convulsionado escenario. Se sentía muy débil y demasiado enfermo. Se hundió durante semanas en el letargo de la indecisión, tembloroso en las agonías nocturnas de la fiebre y en las agonías diurnas de la melancolía. En los primeros meses del año de 1.828, la salud de Bolívar iba declinando notoriamente, ya no podía andar a caballo dos horas continuas sin fatigarse. Ahora bien el 9 de abril de 1.828 se instala la Convención de Ocaña, convocada para dar una nueva Constitución a la República de Colombia.
El Libertador envia su mensaje el cual es leído en la instalación del Congreso. Entonces Bolívar viaja a Bucaramanga y allí espera los resultados de las deliberaciones del Congreso. La mayoría de sus delegados eran del partido del General Santander. Uno de los ayudantes de Bolívar, el coronel Luis Perú de Lacroix lleva un diario de todo lo que acontece durante los tres meses que permaneció allí, de marzo a junio y durante esta permanencia en Bucaramanga, ve que la salud de Bolívar es estable, solo nota que "el 13 de mayo estaba mal del estómago y un gran dolor de cabeza y su médico, el Doctor Moore, le receta un vomitivo, pero el Libertador le dijo que no lo tomaría" La convención de Ocaña fracasa y se disuelve el 10 de junio. Un movimiento en la capital el 13 de junio desconoce la Convención y en actas copiosamente respaldadas por firmas nombra al Libertador como Jefe Supremo de Colombia. En los días siguientes, en actos públicos en las principales ciudades lo designan como única autoridad con poderes ilimitados.
