A Bolívar esta grave enfermedad a fines de 1829 le deja débil y extenuado, su médico opina que principalmente esta recaída se debe, más que al clima insalubre en la estación del invierno, a una fuerte pasión de ánimo causada por los continuos ataques y escritos que se publicaron contra él. Bolívar para reponer su salud tiene que trasladarse a la isla de Santay, al frente de Guayaquil, el 31 de agosto. En carta al General O’Leary dice: "No es creíble el estado en que estoy, según lo que he sido toda mi vida y bien sea mi robustez espiritual, he sufrido mucha decadencia y mi constitución se ha arruinado en gran manera, lo que no deja duda es que me siento sin fuerzas para nada y que ningún estímulo puede reanimarme. Una calma universal o más bien una tibieza absoluta me ha sobrecogido y me domina completamente. Estoy tan compenetrado de mi incapacidad para continuar más tiempo en el Servicio Público, que me he creído obligado a descubrir a mis más íntimos la necesidad que veo de separarme del mando supremo para siempre" El 22 de septiembre se firma el tratado definitivo de paz con el Perú y el 23 viajó a la ciudad de Quito, a donde llega el 20 de Octubre. Ya en julio y septiembre del año anterior había enviado cartas a sus Ministros, en las que decía estaba "aniquilado moral y físicamente he resuelto separarme definitivamente del mando" La muerte del General Córdoba en Antioquia, Colombia, en octubre de 1829, le afectó mucho y escribió "Estoy cansado….no puedo más, no puedo más". Había convocado a un Congreso Constituyente que se reuniría el año siguiente en enero. Bolívar parte para Bogotá el 29 en octubre y llega el 15 de enero de 1.830. Esta última entrada a Bogotá fue dramática.
Ya no fue como las entradas triunfales de años anteriores. El gobierno había organizado un desfile militar impresionante, con un ejército de 4.000 hombres de milicias y caballería, arcos de triunfo, descargas de cañones, repiques de campanas, pero la multitud permaneció triste y en silencio, el Libertador estaba muy enfermo, pálido, extenuado, con la voz honda apenas perceptible, las mejillas chupadas, los labios lívidos, el rostro febril y continuaba con la tos devastadora. El empeoramiento de la enfermedad se aprecia mejor en los retratos del pintor granadino José María Espinosa en 1.830, estos cuatros retratos hechos a lápiz entre enero y mayo de ese año, antes de su viaje de Bogotá a Honda, Colombia, muestran la evolución del semblante envejecido, exhausto, demacrado en plena decadencia física. El Congreso Constituyente se instala el 20 de enero de 1.830, allí lee su mensaje y la solicitud de separarse del ejercicio del poder por hallarse muy enfermo, pero no se la aceptaron. Entonces el 1º de marzo encarga del poder ejecutivo al general granadino Domingo Caycedo, entrega el mando y se refugia en la quinta de Fucha, en los extramuros de la ciudad, con la intención de reponer su salud, que se hallaba muy deteriorada, tanto por el trabajo, como por los sufrimientos morales que le causaban sus enemigos en la Nueva Granada, en Venezuela y más allá. Desde aquel día no vuelve a ejercer el poder ejecutivo, se vuelve irritable y colérico, entra en conflicto con los Generales Urdaneta y Castillo, dirigiéndoles expresiones muy duras, y pierde la calma en una reunión del Consejo de Ministros; se encontraba gastado física y moralmente.
Aconsejado por sus amigos acepta salir del país, y así dirige al Congreso su último mensaje. El Congreso le contesta el 30 de abril, nombra como Presidente a su amigo Don Joaquín Mosquera y Vicepresidente al General Domingo Caycedo. En Fucha permanece hasta la partida al exilio. Manuelita lo visitaba con frecuencia pero no se quedaba allí. Se encontraba sumamente deprimido, quedando evidencia de ello en una larga conversación que tuvo a finales del mes de abril con su amigo el Coronel Joaquín Posada Gutiérrez y que éste deja consignada en sus memorias: "Una tarde salimos solos a pasear a pié por aquellas bellas praderas, su andar era lento y fatigoso su voz casi apagada. Mirando la corriente de agua de un riachuelo que pasaba por allí, se pregunta: ¿Cuánto tiempo tardará esta agua en confundirse con la del inmenso océano? ¿Cómo se confunde el hombre en la podredumbre del sepulcro con la tierra de dónde salió? Y él mismo se contesta. Una gran parte se evapora y se sutiliza, como la gloria humana, como la fama. De repente apretando las manos contra las sienes, exclamó con voz trémula: ¡Mi gloria!, ¡Mi gloria!
