Sin embargo, Morillo no se detuvo en Caracas, sino que fue a guerrear a Calabozo, estado Guarico, Venezuela, y de allí pasó al centro del país. En el mes de febrero de 1818 estableció su cuartel general en Valencia, ciudad donde estaría una buena temporada por cosas del destino. Un mes después de su llegada a la ciudad del Cabriales, Morillo enfrentó a Bolívar en el sitio de La Puerta, batalla llamada también del Semen, por una quebrada del mismo nombre. Si bien el español ganó la confrontación bélica, salió mal a nivel personal pues un lanzazo llanero le dio de lleno en su vientre, provocándole una profunda herida. Los médicos le impusieron un extenso reposo, sobre todo en cuanto a prohibición de montar. Morillo decidió entonces cumplir con el requerimiento de recuperación en Valencia y esa es la razón por la cual algunas obras fueron hechas bajo su gobierno, como la fachada de la iglesia Catedral y la torre de la esquina. Para la posteridad quedó el puente Morillo, que en aquella época era de suma importancia para conectar lo que hoy se conoce como San Blas con el centro de la ciudad, sobre el río Cabriales. Si bien Morillo y sus ingenieros realistas planificaron la obra, fue un venezolano, Francisco Arteaga, de profesión constructor, quien dirigió su construcción, con unos 200 presos de la guerra en plan de obreros. El puente fue culminado y con el tiempo fue llamado con el apellido del general español, por lo cual hoy todavía se le conoce como puente Morillo.
A propósito del Puente Morillo, en Valencia es bastante conocidas los mitos, transmitidas de generación en generación, que en él trabajó como preso de los realistas el hannoveriano Juan Uslar, oficial que había llegado a Venezuela en los contingentes europeos para integrarse a las tropas insurgentes. Para solventar la comida de los presos-constructores, Morillo ordenó que cada familia valenciana debería asumir la entrega del almuerzo a uno de los presos, y a Uslar tocó una familia Hernández que habitaba en la Calle Real, la más importante de la ciudad, actualmente se llama calle Colombia. Una joven llamada Dolores era quien llevaba la comida al oficial extranjero, quien a pesar de las pésimas condiciones de cautiverio, sojuzgado con otro preso, tuvo el ánimo suficiente para enamorar a la muchacha, con quien dos años después se desposó, de allí procede el conocido descendiente escritor venezolano: Arturo Uslar Pietri. Todo parecía ir bien para el Teniente General español, pero lo que creía un dominio férreo de las colonias inició su derrumbe el 7 de agosto del año siguiente, cuando los realistas, comandados por Barreiro, fueron destrozados por el ejército de Bolívar en la batalla de Boyacá. Como consecuencia Sámano huyó apresuradamente de Bogotá y el Libertador comenzó a avanzar desde Nueva Granada hacia Venezuela.
Al enterarse del desastre, Morillo pidió ayuda a la corona, señalando en su carta que "Bolívar en un solo día acaba con el fruto de cinco años de campaña, y en una sola batalla reconquista lo que las tropas del Rey ganaron en muchos combates. Los llanos de Barcelona, los de Apure y Casanare, todos están en poder de los rebeldes" La respuesta de España es casi inmediata, y en 1820, con la ayuda de la Santa Alianza, organizó otro gran ejército para continuar la lucha; pero esta vez el asunto no funcionó. Si bien Fernando VII recuperó la corona, obvió que las ideas de la revolución francesa habían penetrado a la sociedad española, y cuando esa fuerza militar estaba a punto de zarpar, un oficial, el comandante Rafael Del Riego, se alzó en armas y ello obligó al Rey a asumir posiciones más liberales. Así fue como esa fuerza militar expedicionaria nunca llegó a salir de España. Morillo, por orden de Su Majestad, tuvo que proponer un armisticio, que fue calificado como de regulación de la guerra, el cual fue firmado en Trujillo, estado Trujillo, Venezuela, luego de negociaciones entre delegados, donde participaron el General Sucre por el lado patriota y el Teniente Coronel Pita por los realistas. Suscrito el tratado, Morillo pidió conocer personalmente a Bolívar, lo cual sucedió en la aldea Santa Ana de Trujillo. El encuentro es bien conocido gracias a la pluma del edecán del Libertador Florencio O’Leary, quien relató cómo Morillo, quien había acudido con un escuadrón de Húsares, preguntó con cuántos oficiales se acercaba el General Bolívar, cuando el edecán informó que eran unos diez, Morillo ordenó retirar a sus Húsares.
