Una vez arribadas al puerto de Juan Griego, isla de Margarita, el 3 de mayo de 1816, las embarcaciones de la Expedición de los Cayos, con Bolívar conduciendo los 250 hombres que lo acompañaban, tuvo lugar en la población de la Villa del Norte, el siguiente día 7, una asamblea de personas distinguidas de la isla, militares patriotas y religiosos afines a la causa, en la que se planificaron las tareas a seguir, se nombraron comisiones, se organizó el ejército, se reconoció a Bolívar como Jefe Supremo de Venezuela, se designó a Santiago Mariño como segundo en el mando supremo y a Juan Bautista Arismendi como General en Jefe del ejército. Y el siguiente día 8 El Libertador cerró el ciclo de la guerra a muerte con la publicación de una proclama para tal efecto cuya parte más expresiva dice: "Españoles que habitáis en Venezuela: la guerra a muerte cesará si vosotros hacéis que cese por vuestra parte; y si no usaremos de una justa represalia por la que seréis exterminados".
Con la arribada de la Expedición a Margarita se inició en Venezuela el tiempo de la tercera República, tal como el propio Bolívar lo reconoce en una carta suya fechada a pocos días de su llegada. Aquí nos dice: "He aquí el tercer período de la República. Nuestras reliquias, dispersas por la caída de Cartagena, se reunieron en Haití (…) Os recomiendo la unidad del gobierno y la libertad absoluta, para no volver a cometer un absurdo y un crimen, pues no podemos ser libres y esclavos a la vez". Cierto que faltaba mucho para que cristalizara completo el nuevo orden republicano, pero también es cierto que desde este momento se fueron dando de manera progresiva los pasos adecuados y obteniendo las victorias militares conducentes a ese fin. Esta República, a diferencia de la Primera, que surgió súbito, por efecto del 19 de abril de 1810, será el resultado de una concatenación progresiva de hechos ocurridos entre los años 1816 y 1819. Por esta razón, por ser resultado de un proceso mejor macerado, fue una República con cimientos más firmes y más perdurables que los anteriores dos ensayos de este tipo llevados a cabo en Venezuela. Tal República adquiere su forma organizativa, primero, en la ciudad de Angostura, y luego, en un segundo momento, en la ciudad de Santa Fe de Bogotá. Será ésta la República de Colombia, la grande, la integradora, el nuevo polo de poder que surgirá en América Latina gracias a la espada e inteligencia de Simón Bolívar.
Lo cierto fue que al llegar Bolívar a Margarita se dio cuenta que este territorio no era el mejor lugar para hacer la guerra a los españoles. Su condición de isla era un impedimento para generalizar la guerra, para extenderla hacia todos los sitios controlados en ese momento por los españoles. Estos contaban en ese momento con tropas mejor equipadas y más numerosas, además que dominaban un extenso territorio y combatían en distintos frentes, repartidos desde Bogotá, pasando por Cartagena, Maracaibo, Coro, llanos venezolanos, Caracas, Barcelona, Maturín, hasta Angostura. En todos estos lugares se mostraban fuertes, frente a unas tropas republicanas dispersas, disminuidas en número, con armamento deficitario y sin jefatura central.
Si se quedaba en Margarita esa situación adversa a los independentistas no la podía cambiar, pensaba con razón Bolívar. Tenía que trasladarse a tierra firme en búsqueda de los escenarios donde en esos momentos se encontraban concentradas las tropas enemigas. Y entonces partió de la isla, aun con la oposición de Arismendi, rumbo al oriente venezolano. Fondeó frente a las costas de Carúpano el último día del mes en curso y se mantuvo por estos lados orientales de Venezuela todo el mes de junio. El día 2 del mes de junio emitió un decreto concediendo la libertad a todos los esclavos que tomaran las armas y se incorporan al ejército republicano. La libertad había que ganársela a fuerza de combates, era lo establecido en ese decreto. Al igual que hacían los patriotas que luchaban en ese momento por la libertad nacional, así debían hacer también los hombres sometidos a esclavitud. La parte sustantiva del decreto decía: "He venido en decretar, como decreto, la libertad absoluta de los esclavos que han gemido bajo el yugo español en los tres siglos pasados".
Luego del desembarco fueron tomadas por los patriotas, además de Carúpano, las poblaciones de Guiria, Río Caribe y Maturín. Pero tampoco Bolívar se sintió satisfecho con la situación ganada momentáneamente por sus tropas en este lado del país. Por un lado, porque no recibía de los pobladores de estos pueblos recién liberados apoyos consecuentes; porque tampoco los jefes militares, Mariño y Piar, enviados a Guiria y Maturín respectivamente, cumplieron a cabalidad con la misión encomendada a cada uno de ellos; y, finalmente porque él quería hacer la guerra a los españoles en el centro de Venezuela para desalojarlos de Caracas, donde estaban concentradas sus mayores fuerzas, en ese momento jefaturadas por el español Francisco Tomás Morales. Por tales motivos zarpó con escuadra y tropas con destino Ocumare de la Costa, puerto situado entre La Guaira y Puerto Cabello. Arribó a este lugar el día 6 de julio. Pero aquí no le fue nada bien a Bolívar. El resultado de esta incursión al centro del país fue catastrófico. Las tropas se dispersaron; las armas de la Expedición de los Cayos fueron tomadas por los enemigos; en el sitio de Los Aguacates, cerca de la población de San Joaquín, las tropas dirigidas por Carlos Soublette sufrieron una gran derrota, con unos 400 muertos, frente al ejército de Morales; hubo falta de coordinación entre los jefes militares. Lo más resaltante de lo ocurrido este mes de julio fue la promulgación de la proclama de Bolívar en la que ratificaba tanto la cesación de la guerra a muerte como la liberación de los esclavos. Respecto a lo primero este documento decía: "La guerra a muerte que nos han hecho nuestros enemigos cesará por nuestra parte: perdonaremos a los que se rindan aunque sean españoles (…) Ningún español sufrirá la muerte fuera del campo de batalla"; respecto a lo segundo decía también: "Esa porción desgraciada de nuestros hermanos que ha gemido bajo las miserias de la esclavitud ya es libre, la naturaleza, la justicia y la política piden la emancipación de los esclavos: de aquí en adelante sólo habrá en Venezuela una clase de hombres, todos serán ciudadanos".
Visto el desastre del desembarco en Ocumare, emprendió El Libertador viaje por mar, primero hacia Bonaire y luego hacia Guiria, donde al llegar fue rechazado por sus viejos rivales, Mariño y Bermúdez. Tan ingrata circunstancia, ocurrida el día 22 de agosto, lo obligó a salir apresurado del lugar y tomar rumbo hacia Haití, a sabiendas que aquí el gobierno de Petión, ahora electo Presidente vitalicio, lo recibiría con buena voluntad, le trataría con deferencia y además le proporcionaría nuevos socorros materiales. Su arribada a esta isla tuvo lugar el día 3 de septiembre. Esta vez venía casi solo y en la isla tampoco estaban sus compañeros de la primera expedición. Escribió esos días en tono de amargura: "Cuando un hombre es desgraciado nunca tiene razón. No es sorprendente que yo también esté sujeto a esta ley universal".
Es muy probable que en medio de esa calamitosa situación, recibiera Bolívar la ingrata noticia referida a la muerte en la prisión de la Carraca, España, de su antiguo jefe militar y compañero de causa, Francisco de Miranda, hecho ocurrido el día 14 de julio anterior. Hacía cuatro años exactos, julio de 1812, que un grupo de hombres, entre los cuales se encontraba el mismo Bolívar, había puesto preso al generalísimo cuando éste, luego de firmar la capitulación en la que reconocía la derrota del ejército defensor de la Primera República ante las tropas conducidas por Domingo Monteverde, se hallaba a punto de embarcar en el puerto de La Guaira, rumbo al extranjero. Debió Bolívar sentir algo de culpa por la tragedia vivida por Miranda después de esos hechos de La Guaira, pues, estando allí tras las rejas fue que las tropas realistas lo capturaron. Desde ese día hasta su muerte, no conoció Miranda otro lugar que las celdas en que lo mantuvieron las autoridades españolas.
Mientras esto meditaba en Haití el gran caraqueño, en territorio venezolano los mandos y las tropas republicanas, que habían logrado sobrevivir, combatían y obtenían algunas victorias militares sobre sus enemigos españoles conducidos por Morales. Arismendi guerreaba en Margarita y mantenía cercado a los españoles; Bermúdez y Mariño hacían lo mismo en Barcelona; José Tadeo Monagas por Maturín, Manuel Cedeño por Caicara, Manuel Piar en Aragua de Barcelona, Mac Gregor atravesaba los llanos centrales y se dirigía hacia oriente, José Antonio Páez hacía lo propio entre Apure y Barinas. Algunos de ellos reconocían el liderazgo de Bolívar y se habían manifestado disconformes con los acontecimientos de Guiria. Estaban de acuerdo, al contrario, con su regreso a Venezuela. Eran los casos de Piar, Zaraza, Arismendi y Monagas. Para tal fin organizaron en octubre del año en curso un consejo de guerra presidido por Manuel Piar que convino en convocar al Libertador a tierra firme para que asumiera el mando militar. Se encargó a Francisco Antonio Zea realizar el viaje hasta Haití e informar de la buena nueva a Bolívar. Partió Zea a cumplir su misión el día 27 de septiembre, misma fecha en que tenía lugar la Batalla de Juncal, donde las topas conducidas por Piar, Mariño y Mac Gregor obtenían un importante triunfo sobre Morales y su ejército.
Por supuesto que para esta fecha ya Bolívar había recibido, del presidente Petión, recursos militares y dinero para su próxima expedición sobre Venezuela. Y el 21 de diciembre salieron del puerto de Jacmel las seis embarcaciones del almirante Brión que de nuevo cubrían el mismo trayecto hacia Venezuela para traer a Bolívar a su patria de origen. Pero esta vez el retorno del Libertador sería definitivo, hasta lograr la victoria en el campo de Carabobo. Su arribada ocurrió el día 28, a la población de Juan Griego, isla de Margarita. Ese mismo día publicó una proclama dirigida a los venezolanos convocando a organizar la nueva república. La parte sustantiva de la misma dice lo siguiente: "Venezolanos: los pueblos, los generales y los ejércitos por el órgano del general Arismendi me han llamado. Vedme aquí. Vengo a la cabeza de una cuarta expedición con el bravo almirante Brión a serviros no a mandaros (…) Nombrad vuestros diputados al Congreso. La isla de Margarita está completamente libre: en ella vuestras asambleas serán respetadas y defendidas por un pueblo de héroes en virtud, en valor y patriotismo. Reuníos en este suelo sagrado: abrid vuestras sesiones y organizaos según vuestra voluntad".
Continuó su viaje Bolívar y llegó a Barcelona el día primero del año 1817. Más nunca se vería obligado a abandonar este continente. La ruta a seguir ahora sería al sur, comenzando por las tierras venezolanas al oriente del Orinoco, donde desde el mes de noviembre pasado, después de repasar el gran río, se encontraba Piar con sus tropas dispuesto a realizar campaña militar. En carta de Bolívar de este mismo día primero del año nuevo, dirigida a sus compañeros de lucha aquí acantonados, les dice en tono premonitorio: "Nada falta a mi felicidad sino el placer de abrazar a ustedes. Ese día será para siempre memorable, sobre todo si, conservando tantos laureles adquiridos, añaden los de vencedores y libertadores de Guayana. Esa empresa tan sublime como importante, asegurará las anclas de la República, si nuevas tempestades vuelven a combatirla".
Desde este momento la suerte de Bolívar y de las tropas republicanas cambiarán para siempre, gracias a esa decisión de trasladar el escenario de la guerra hacia Guayana. Aquí comenzará para los patriotas el tiempo de las grandes victorias por la libertad suramericana. Y Guayana será el lugar donde se fijarán los cimientos de la nueva República, se consolidará de manera definitiva el liderazgo militar de Bolívar, y se agrupará en un solo cuerpo el Ejército Libertador de Venezuela.
Nota: Resumen de los acontecimientos ocurridos en 1816, de los cuales se cumplen ahora doscientos años:
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2 de enero: Encuentro de Simón Bolívar con el presidente Alejandro Petión.
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31 de marzo: Salida de la Expedición de los Cayos, Haití.
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3 de mayo: arribada a Juan Griego de la Expedición de los Cayos.
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7 de mayo: asamblea realizada en la Villa del Norte, Margarita, donde Bolívar es reconocido por vez primera como Jefe Supremo de los ejércitos de la República.
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8 de mayo: Bolívar emite su proclama con el cese de la Guerra a Muerte.
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2 de junio: publicación por parte de Bolívar del decreto que otorga la libertad de los esclavos.
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6 de Julio: Bolívar ratifica en Ocumare la proclama que concede la libertad de los esclavos.
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14 de julio: fallece Francisco de Miranda.
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27 de septiembre: Batalla de Juncal donde salen victoriosas las tropas patriotas conducidas por Manuel Piar.
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21 de diciembre: salida de la segunda y última Expedición de los Cayos.