Los conceptos de autonomía y democratización universitaria siempre han sido controversiales, además de que no siempre- o mejor decir pocas veces- han ido a la par y han generado los más fuertes enfrentamientos entre el estado y las universidades. No son precisamente las universidades autónomas un ejemplo de democracia, elecciones en las que los estudiantes tienen una mínima proporción de los votos validos, en las que votan en segundo grado para elegir unos representantes que serán luego los que puedan elegir a las autoridades rectorales, en las que no participan ni empleados ni obreros, quienes han dedicado toda su vida a la universidad y conocen su realidad- muchas veces más que los directivos de turno-, universidades en las que poco se ha tomado en cuenta a las comunidades, a veces solo para cumplir los requisitos de extensión y pasantías. Gobiernos universitarios conformados y cuyas decisiones recaen fundamentalmente en los profesores, marginando al resto de los miembros de la universidad y a la comunidad, son demostración de poca democracia.

A pesar que desde 1946 se estableció por primera vez la representación de los estudiantes en el Consejo Universitario, los Consejos de Facultad y las Asambleas de Facultad, aun la participación estudiantil es limitada en los procesos universitarios. En la propuesta de Ley de Universidades (2010) se amplía el concepto de democracia, ya que queda establecida la elección interna de sus autoridades, de su gobierno, pero garantizando la participación de todos sus miembros en igualdad de derecho.

La autonomía universitaria ha sido el producto de un proceso de luchas históricas, de avances y retrocesos, en la pugna por quienes pretenden desde el estado controlar política e ideológicamente a las universidades, ponerlas a sus servicios, y de aquellos que han pretendido crear "un Estado dentro del Estado", con una autonomía total, sin responder a las directrices del estado nacional.

Dentro de los estados nacionales toda autonomía es relativa, sino seria autarquía, todas las instituciones tienen que responder, por obligación, a la política de estado, a las prioridades del país, al modelo de desarrollo, igualmente, tienen que responder y dar cuentas exhaustiva de la utilización de los recursos, deben vincularse permanentemente, y no vía extensión o pasantía con las comunidades y así mismo tienen que garantizar la participación de estas comunidades en las decisiones que tengan impacto con la sociedad. Así lo expresó el rector Francisco De Venanzi en 1958, en el contexto de la promulgación de la Ley de universidades, de la cual fue uno de sus máximos propulsores:

La autonomía no es un privilegio que recibe la institución para aislarse de los dolores del pueblo y convertirse en círculo de intereses creados, cerrado al llamado de la Nación. Es al contrario instrumento de superación técnica para cumplir con toda efectividad la tarea de convertir en el factor principal del progreso de la comunidad y en símbolo unitario esencial en la vertebración de una sociedad pujante, aguijoneada por el hondo deseo de satisfacer plenamente sus grandes necesidades espirituales y materiales.

Años después, en la misma tónica opinó el maestro Prieto Figueroa (1977):

La autonomía universitaria no podría considerarse, como algunos piensan, situados en las almenas levantadas por formulas de un liberalismo trasnochado, una liberación de las grandes responsabilidades que corresponden a la universidad en la realización del plan de vida nacional, sino la libertad de acción para actuar en relación con aquellos fines. Por otra parte, la autonomía interpretada como aislamiento de los otros ciclos de la educación haría imposible establecer las correlaciones indispensables con estos. Continuará…