El Doctor Miguel Peña fue nombrado asesor del General José Antonio Páez en enero de 1823, en un tiempo difícil económicamente para mantener el Estado, ya que funcionaba en base al centralismo y Bogotá no estaba cumpliendo su tarea entre dificultades de toda clase. Páez tratando de salir de las dificultades de finanzas escribe a Bolívar y aprovecha para plantearle una solución para el problema, Bolívar le responde a Páez: "Usted sabe muy bien que Guzmán no ha ido a Lima sino a proponerme de parte de usted la destrucción de la República a imitación de Napoleón, como usted mismo lo dice en su carta, que tengo en mi poder, original. Con el coronel Ibarra y Urbaneja me ha mandado usted proponer una corona que yo he despreciado como merecía" Como se podrá suponer desde ese tiempo Páez andaba buscando una salida al modelo de la Gran Colombia y al final sucede lo del Congreso Constituyente en la "Casa de la Estrella", en el cual juega papel clave el Dr. Miguel Peña con la separación de Venezuela de la Gran Colombia con la preparación de un proyecto y luego aprobación de la Constitución correspondiente. En ese momento Valencia vuelve a ser capital de la República, pero ese mismo año Páez es convencido para que la regresara a Caracas, por lo cual Valencia pierde definitivamente este título el 30 de mayo de 1831. Cuando al presidente Páez le preguntan, saliendo de Valencia para Caracas, si Dr. Peña le acompañaría, el General Páez bromeando contesta: "El Dr. Peña es como el gato y éste acompaña al amo hasta la puerta"

Mucha gente en Valencia tomó aquello como una inhabilitación por cuanto se había denunciado que el Dr. Peña había usufructuado de un empréstito agrícola. Pero según algunos historiadores lo que sucedió fue que Ejecutivo Central resolvió asignar las partidas destinadas a la agricultura, dentro del proyecto de inversiones señaladas en el empréstito para ser gastadas en agricultura, ahora bien, ya que había que transportar aquel metálico, se designó al venezolano doctor Miguel Peña. Por entonces en Cartagena de Indias el General Mariano Montilla ocupaba el cargo de intendente, a según este oficial era un tahúr. Una vez llegado a la ciudad heroica el doctor Miguel Peña, mediados del año 1823, concertó algunas sesiones de juego con el intendente. El general Montilla le ganó veinticinco mil pesos a Peña y éste para cubrir esta deuda de juego, Peña decidió dejar en Cartagena los 320.000 Pesos en plata de buena ley, y que tenía a su cuidado como comisionado del transporte pero entrega en Caracas su equivalente en moneda macuquina de baja ley, ganándose en esta operación en perjuicio de los haberes de la República, la cantidad de veinticinco mil pesos, es decir, Peña recibió en moneda de la mejor ley y la entregó en forma de monedas de plata despreciadas, que eran de corriente circulación en Caracas, obteniendo para sí una ganancia de no menos de 25.000 pesos. Peña trató de justificar su acción sobre la base de que ya otros habían hecho lo mismo Sin embargo, sus excusas no eran muy buenas, y la transacción no solo hizo que Peña fuera sometido a otro proceso, que significó su destitución definitiva de la Alta Corte de Justicia sino que convirtió su nombre en un símbolo de corrupción financiera para los granadinos. Según el Diario de Bucaramanga, escrito por Perú de Lacroix, el propio Bolívar reconoció que Peña se había robado 25.000 pesos.

Entre otras causas, este escándalo impone al Libertador Simón Bolívar a dictar el 12 de enero de 1824 su decreto de pena a muerte para todos los funcionarios que hayan malversado o tomado para sí parte de los fondos de la nación. Aquí el texto del decreto:

Teniendo Presente:

1°–Que una de las principales causas de los desastres en que se han visto envuelta la República, ha sido la escandalosa dilapidación de sus fondos, por algunos funcionarios que han invertido en ellos;

2°–Que el único medio de extirpar radicalmente este desorden, es dictar medidas fuertes y extraordinarias, he venido en decretar, y

Decreto:
Artículo 1°–Todo funcionarios público, a quien se le convenciere en juicio sumario de haber malversado o tomado para sí de los fondos públicos de diez pesos arriba, queda sujeto a la pena capital.

Artículo 2°–Los jueces a quienes, según la ley, compete este juicio, que en su caso no procedieren conforme a este decreto, serán condenados a la misma pena.

Artículo 3°–Todo individuo puede acusar a los funcionarios públicos del delito que indica el Artículo 1°.

Artículo 4°–Se fijará este decreto en todas las oficinas de la República, y se tomará razón de él en todos los despachos que se libraren a los funcionarios que de cualquier modo intervengan en el manejo de los fondos públicos.

Imprímase, publíquese y circúlese.

Lima, a 12 de enero de 1824– 4° de la República. Por orden de S. E., SIMON BOLIVAR