No pudieron soportar la élite gobernante colombiana santanderista que Simón Bolívar el 27 de agosto asumiera la condición de Supremo Dictador de Colombia. Y menos que ese día cuando fue dado a conocer el Decreto, en el mismo se suprimió la vicepresidencia de la República que había desempeñado hasta entonces Francisco de Paula Santander.
A partir de ese hecho los conspiradores armaron el plan para salir de Bolívar y su gobierno "dictatorial. Los conjurados comienzan a estudiar cual sería lo más conveniente; si asesinarlo o tomar el Palacio de gobierno, apresarlo y después de un juicio sumario enviarlo al exilio. Cuentan que el venezolano y comandante militar Pedro Carujo, propuso que lo mejor era darle muerte de una vez.
La noche del 25 de septiembre de 1828 los conspiradores resolvieron ejecutar el magnicidio, una vez que alguien les informó que ya le habían develado sus intenciones golpistas. Entre los principales conspiradores, además de Carujo, figuraban Emigdio Briceño, Agustín Horment, Wenceslao Zulaibar, Florentino González, José Félix Merizalde, Luis Vargas Tejada, Juan Nepomuceno y Pedro Celestino Azuero.
Como la mayoría de los conspiradores del Palacio presidencial eran civiles, pasaron por el cuartel de artillería, donde militares golpistas les proporcionaron armas. El asalto a la casa de gobierno lo dirigieron Agustín Horment y Pedro Carujo. Conocedores del santo y seña que les había dado la soldadesca traidora, sometieron a los centinelas, matando e hiriendo a algunos de ellos. No hubo disparos, sólo se usaron armas blancas en aquel momento.
Los asaltantes llevaban armas de fuego y puñales. Los perros del Libertador sintieron los pasos sigilosos de los conspiradores y empezaron a ladrar. Bolívar y Manuela Sáenz se despertaron. Carujo apostó a sus hombres a la entrada y permaneció allí para evitar que pudiesen socorrer al Libertador.
Bolívar tomando su espada se dispuso a salir de su habitación para enfrentar la situación, pero Manuela lo retuvo y lo convenció de que se vistiera, lo cual hizo rápidamente. Ella misma, años más tarde, relataría así lo ocurrido, recordando la actitud y las palabras de Bolívar: Me dijo. ¡Bravo! vaya pues, ya estoy vestido. Y ahora qué hacemos. Hacernos fuertes. Volvió a querer abrir la puerta y lo detuve.
Entonces se me ocurrió lo que le había oído al mismo general un día. Usted no dijo a Pepe París que esta ventana era muy buena para un lance de estos. Dices bien, me dijo, y fue a la ventana; yo impedí el que se botase porque pasaban gentes, pero lo verificó cuando no hubo nadie y porque ya estaban forzando la puerta.
Después de saltar por la ventana, que no era muy alta, Bolívar se encontró con su repostero, el maracucho José María Antúnez, quien lo acompañó cuando él fue a refugiarse debajo de un puentecito del cercano río de San Francisco. Ninguno de los dos estaba armado, pues al Libertador se le había caído la espada al saltar.
Entre tanto, el edecán Ferguson había llegado corriendo a las puertas del palacio, pistola en mano, pero cayó muerto de un balazo y un sablazo que le asestó Carujo. Creyendo tal vez que el muerto era el Libertador, Horment, Zulaibar y otros conspiradores civiles abandonaron el lugar gritando por las calles de Bogotá: ¡Ha muerto el tirano! ¡Viva la Constitución! ¡Ha muerto el tirano!
