El 29 de junio de 1919 en horas de la tarde, José Gregorio Hernández fue atropellado por Fernando Bustamante un joven mecánico de 28 años de edad.
Al chofer, que, sin intención alguna, en una mala hora atropelló a José Gregorio Hernández, se le instruyó juicio por homicidio; y que su expediente, fue identificado bajo la Asignatura AGN, Subfondo de Registro Público, Sección Expedientes Judiciales, Series Criminales, Año 1919. Junio 29. Hora: 2. 15 PM. Letra B, Expediente N°32.
"El automóvil guiado por el chofer Fernando Bustamante, había derribado al Doctor José Gregorio Hernández, quien, a consecuencia del golpe recibido, había muerto minutos después del accidente; en consecuencia, ábrase la investigación sumaria correspondiente".
El juicio contra el chofer duró más de ciento treinta días. Al final esta fue la sentencia: "Este Tribunal, administrando justicia por autoridad de la ley, absuelve a Fernando Bustamante, del cargo contra él formulado por el representante del Ministerio Público, de acuerdo a lo dispuesto en los artículos 61 y 64, caso 1° de este último, del Código Penal".
Todavía hay quienes afirman que ese día cuando a José Gregorio Hernández lo atropelló el carro, fue porque el Siervo de Dios, salió con mucha prisa hacia la "Farmacia Los Amadores", por unos remedios para curar a un niño que se había caído desde el balcón de su casa.
Al chofer que en ese instante le tocó la mala fortuna de atropellar al galeno, se le llevó a juicio, pero los familiares de José Gregorio, se presentaron ante el tribunal de la causa y allí expusieron:
"La familia Hernández, no ha pedido ni pide que se castigue a Fernando Bustamante, porque estamos convencidos de que el infausto suceso, en que pereció el doctor José Gregorio Hernández, fue debido a un accidente imprevisto, sin intención delictuosa alguna, ni culpa suya".
"Dios en sus altos designios dispuso sin duda, que el Doctor Hernández, falleciera del trágico e inesperado modo en que sucedió su muerte; y nosotros, nos conformamos con su soberana voluntad". El Chofer quedó absuelto de toda responsabilidad penal; y quizás, ese fue el primer Milagro de José Gregorio.
