Contrariamente a lo que se desprende de la campaña de la derecha venezolana, la cual a través de voceros como el Cardenal Jorge Urosa ha solicitado que se incluya entre los beneficiados de la amnistía presidencial a Nixon Moreno, la verdad es que la medida sí lo favorece.
Dicho decreto con fuerza de ley establece que se encuentran entre los beneficiados por la medida aquellas personas que estén siendo procesadas por "la toma violenta de la gobernación del estado Mérida el doce de abril de 2002". En efecto, Nixon Moreno fue imputado por los delitos de rebelión y usurpación de poderes por el fiscal Danilo Anderson, por su participación protagónica en el asalto a la Gobernación de Mérida.
Moreno tuvo una participación relevante en las acciones llevadas a cabo por bandas mercenarias en el marco del golpe, participando en la toma de la FCU y el linchamiento de los estudiantes que allí se encontraban, así como el asalto a la gobernación, acciones enmarcadas en la persecusión fascista que formó parte del golpe de Carmona.
El día 29 de enero de 2004, cuando el fiscal Anderson se dirigió a Mérida para atender a la citación de los imputados por el asalto a la gobernación, nuevamente las bandas criminales liderizadas por Nixon Moreno tomaron la ciudad, envalentonadas por un comunicado del Consejo Universitario de la ULA que de manera grotesca describía la acción legal contra los golpistas como una agresión a la institución universitaria.
Con la decencia que siempre lo caracterizó, Danilo Anderson se refirió a la violenta protesta de la derecha merideña en los siguientes términos:
"Aquí de una manera absurda se está pidiendo libertad, pero aquí no hay nadie detenido. Todas las personas están viniendo por cuenta propia, sin ninguna coacción, están siendo tratados de manera decente, de manera respetuosa... Sólo se trata de una citación para que los imputados conozcan los detalles del proceso que se iniciará en su contra y hagan uso de sus derechos ciudadanos, como lo es el acceso al expediente”.
Con la amnistía presidencial se cierra el proceso contra Moreno y otros veinticuatro golpistas que actuaron en Mérida. Sin embargo, se mantiene abierto el proceso en contra del ex dirigente estudiantil por los disturbios armados de mayo de 2006, por los cuales se le han imputado los delitos de homicidio intencional simple, en grado de frustración, en perjuicio del funcionario policial Gerardo Dugarte; de intimidación pública; de actos lascivos violentos contra la funcionaria policial Sofía Aguilar, en grado de cómplice necesario; y por lesiones personales intencionales de carácter leve contra funcionarios policiales. Por estos crímenes, Nixon Moreno ha sido acogido desde Marzo de este año por el Nuncio Apostólico.